本发明涉及编码至少一种AAVRep多肽的核酸分子，其中AAV(p5)、(p19)和(p40)启动子中的一种或多种已被修饰以减少或消除一种或多种Rep多肽的表达，或所述核酸分子不编码功能性(Rep52)或(Rep40)多肽，或所述核酸分子不编码功能性腺病毒抑制剂序列。本发明还涉及用于通过使用2‑腺病毒系统生产重组AAV载体的方法，其中AAV复制和包装所需的所有基因(即本发明的AAVrep序列、AAVcap和包含转基因的AAV转移载体)可以在两种腺病毒内编码。