本发明提供了一种与地铁斜交分块垂直开挖的基坑对地铁变形控制的方法，先确定基坑与地铁隧道的空间位置关系；在基坑周边施打一排咬合桩；采用MJS工法桩对基坑坑底加固；采用与地铁斜交的方式分块跳仓开挖，一次跳仓开挖的分块的面积总和不超过基坑面积的1/5；在基坑与地铁隧道交汇处设置降水井，基坑周边设置排水沟；对基坑的隆起量、地表的沉降量、地铁隧道的变形量进行监测；本发明在上跨地铁隧道基坑开挖过程中，在基坑距离地铁隧道结构较近且基坑埋深较浅的条件下，分块垂直开挖减小对地铁的扰动，减小基坑的隆起和变形。