本发明提供一种船载航行数据记录仪操纵仿真训练系统及方法。系统包括：一个VDR教员站以及不少于一个VDR训练端；VDR教员站包括设备设置模块、使用监控模块、数据发送模块和操作评估模块；VDR训练端包括设备仿真训练系统和关联设备系统；关联设备系统包括船舶导航仿真设备、通信真机设备和其他设备数据接收端口，VDR由所述船舶导航仿真设备、通信真机设备和其他设备数据接收端口中获取与航行信息和船舶状态有关的数据并记录。本发明公开可用于航海类学生和船员对于船载航行数据记录仪的教学与训练，使其熟练掌握仪器的使用，排查出设备可能的故障，对船舶事故相关的数据进行有效的保存，为事故调查提供客观证据，发挥船载航行数据记录仪应有的作用。