本发明公开一种烷基化类基因毒杂质的非靶向筛查方法，包括：（1）将氨基化合物作为衍生剂，将其与烷基化基因毒杂质进行烷基化反应，然后分离出生成带有所述衍生试剂结构的衍生产物。（2）将该衍生产物在质谱条件下碎裂产生相同的离子碎片，通过离子碎片筛查实现对未知烷基化基因毒杂质的筛查。本发明提出了衍生化‑超高效液相色谱‑高分辨质谱法非靶向筛查烷基化基因毒杂质的方法，该方法基于胺类化合物与烷基化基因毒杂质反应的特性，选择胺类化合物作为衍生试剂，以及衍生产物含有的衍生试剂结构在质谱条件下碎裂产生特定的离子碎片的特性，进行特定离子碎片筛查，实现对未知烷基化基因毒杂质的筛查，结果显示本发明提出的方法专属性良好。