本发明公开了一种双酶法制备阿洛酮糖的方法，具体以葡萄糖液为底物，加入硫酸镁、硫代硫酸钠、亚硫酸氢钠酶激活剂，调节pH7.3‑7.6，加入固定化双酶（葡萄糖异构酶和D‑阿洛酮糖3‑差向异构酶）进行异构化反应，异构化温度50‑60℃，80‑100r/min搅拌反应8‑24h，反应液进行过滤分离，滤液经脱色、离交、色谱、浓缩、干燥得阿洛酮糖。本发明以固定化双酶催化底物连续异构生成阿洛酮糖，降低了原料成本，且固定化酶可重复利用，色谱提纯阿洛酮糖后副产物可循环利用，提高了副产物和酶的利用率，是一种高效率阿洛酮糖生成方法。