本发明公开了基于微波辐射的过滤灭菌装置及包含其的通风空调系统，属于室内空气净化技术领域，其通过在空气传输路径上对应设置过滤单元，可以有效实现空气中微生物颗粒的过滤、捕集，再通过过滤材料与吸波材料复合形成过滤单元，以及对应吸波材料设置微波发射模组，利用微波发射模组发射微波、吸波材料吸收微波，实现过滤单元所捕集的微生物的杀灭。本发明的基于微波辐射的过滤灭菌装置，其结构简单，设置简便，在保证过滤单元对微生物颗粒捕集效率的同时，实现了对捕集微生物的杀灭，实现了空气的过滤杀菌，减少了室内环境的微生物污染，提升了室内环境的舒适性和清洁性，显著提升人们在室内生活、工作的舒适度，具有较好的实用效果和推广价值。