本发明提供了一种三维存储器的制作方法及三维存储器，属于半导体存储技术领域，其旨在解决对位于沟道孔底部的沟道结构进行开口时，损伤位于第一沟道孔和第二沟道孔连接处的功能层的问题；其在衬底的背面形成与沟道结构相对的第一通孔，以第一通孔为刻蚀通道对沟道结构进行刻蚀，以使沟道层朝向衬底的一端凸出所述功能层；在第一通孔内形成与沟道结构接触的半导体柱塞，从而沟道层通过半导体柱塞与衬底接触并形成电连接。本发明提供的三维存储器的制作方法及三维存储器，能够在实现衬底与沟道层电性连接的同时，可避免损伤位于第二沟道孔与第一沟道孔连接处的功能层，提高三维存储器的良率和可靠性。