本发明公开了一种电比例控制多工作位阀的液压系统及其控制方法，该系统包括：第一主泵、第二主泵、先导液控手柄组、斗杆油缸、主控制器、电比例阀、以及内部具有多个工作位的阀芯，主控制器的信号输出端与内收先导电比例阀联控，阀芯外部两端先导端口分别与先导液控手柄组、内收先导电比例阀联控实现阀芯工作位的调控。本发明该液压控制系统中主控制器能够判断执行机构的工况，进而可在重载工作位或者轻载工作不同工况上选择运行和控制该液压系统；其次通过电比例控制调节斗杆有杆腔回油流量通过回油单向阀、再生单向阀的面积比例以适应不同工况，实现精细化调节执行机构背压比例，最终实现不同负载下执行机构背压控制。