本发明公开一种偏航齿轮箱输出轴疲劳校核系统和方法，包括分别与控制单元连接的模型构建单元、材料参数输入单元、轴参数输入单元、载荷系数输入单元、截面参数输入单元和安全系数计算单元；材料参数输入单元，用于输入试棒材料参数；轴参数输入单元，用于输入模型的轴参数；载荷系数输入单元，用于输入载荷相关的比例系数，载荷相关的比例系数包括扭矩均值比例系数、扭矩全幅值比例系数、循环次数比例系数；截面参数输入单元，用于输入模型的截面参数；安全系数计算单元，用于计算偏航齿轮箱输出轴的安全系数。