本申请实施例提供一种燃料电池的热管理系统及控制方法，该系统包括：燃料电池堆、散热器、冷却回路以及控制器；所述燃料电池堆设置有电堆入口端、电堆出口端以及所述电堆入口端与所述电堆出口端形成的堆叠冷却通道，所述散热器设置有散热器入口端、散热器出口端以及所述散热器入口端与所述散热器出口端形成的散热器冷却通道，所述电堆入口端与所述冷却回路的第四端连接，所述电堆出口端与所述冷却回路的第一端连接，所述散热器入口端与所述冷却回路的第二端连接，所述散热器出口端与所述冷却回路的第三端连接，所述冷却回路与所述控制器连接。本申请提供的系统能够有效地将冷却水的导电浓度保持在最佳范围内，进而保证燃料电池系统的安全运行。