本发明公开一种三电平NPC逆变器的中性点平衡控制方法及系统，方法包括：基于VSVPWM空间矢量图，确定参考电压矢量在每一扇区时每一区域内所述参考电压矢量与多个基本电压矢量的矢量合成关系及多个基本电压矢量作用时间；基于矢量合成关系以及多个所述基本电压矢量作用时间，采用预设段式VSVPWM发波方式，生成每一扇区中各个区域的矢量发波时间表；基于矢量发波时间表，根据预设规则设置第一调节因子和第二调节因子，基于中性点电压偏差、第一预设电压偏移阈值和第二预设电压偏移阈值，调节第一调节因子或第二调节因子。本发明可对每一扇区内各个区域进行中性点电压平衡控制，并且控制更加简洁，降低了成本，实现了中性点电压平衡的准确控制。