本发明涉及一种连续化制备低聚原花青素的方法，包括以下步骤：(1)配制催化降解液；(2)催化降解：将降解液上柱于聚酰胺层析柱，收集流出液I；(3)膜分离：将流出液过膜，分别收集截留液和透过液；(4)富集：透过液上柱于大孔吸附树脂至饱和，更换同规格同类型的大孔吸附树脂继续上柱，两根以上的树脂循环交替使用，先用水赶和除杂，再醇水解吸，分别收集合并上柱流出液II和解吸液；(5)循环套用：将步骤(4)流出液II与步骤(3)截留液合并，加入含高聚原花青素原料溶解后，作为步骤(1)的降解液的补充套用，继续按步骤(2)方法上柱；(6)浓缩干燥：将步骤(4)得到的解吸液浓缩、干燥，即得低聚原花青素产品。