本发明公开了一种小麦皮层的分离方法，采用30‑40℃的蒸馏水和液氮循环调质小麦籽粒，调质后采用柔性小麦脱皮清理机，得到5种不同麸皮结构层：表皮、下表皮、横状细胞和管状细胞、种皮和珠心组织、糊粉层。本发明的分离方法简单易操作，处理原料所需试剂便宜易得，分离所得皮层结构中除管状细胞与横状细胞、种皮与珠心层未得以分离，其他各层均被分离得到，且得到的糊粉层含有较少的胞内糊粉粒，即该方法可制得植酸盐含量较低的糊粉层细胞，为小麦制粉副产物的加工和深度开发利用提供了新的思路和技术支持。