本发明涉及一种可降低频率干扰的方法及通信卫星系统：LEO卫星发射、接收用户天线的子波束具备凝视或跟踪星下用户功能；根据需要可以进一步配置信令天线，其子波束可灵活开关；根据LEO卫星的位置信息，计算出LEO卫星与GEO卫星不满足最低空间隔离角度的区域，及时关闭该区域内的波束以降低与GEO卫星的频率干扰；通过扩频机制解决多颗LEO卫星信令波束间的内部干扰；当多颗LEO卫星不满足最低空间隔离角度时，通过分频机制解决系统内用户波束干扰问题。选取合适的星座参数，可具备为全球或某一纬度范围内任意区域的用户提供连续不间断服务的能力。