本发明公开了一种轨道车辆用燃料电池系统的空气供给系统，其包括：控制器，空气输送系统，氢气吹扫管，空气吹扫管，空气回收系统，进排气系统，氢气供给管路，湿度传感器，吹扫排放管，本发明有效解决了采用大功率空气增压器来满足轨道车辆燃料电池系统中的电堆响应所需的空气而造成的运行噪音大、布置空间大导致燃料电池系统集成度低、系统辅助功率消耗大导致燃料电池系统发电效率低、大功率空气增压器选型困难和定制开发采购成本高等缺点，又解决了现有燃料电池系统的停机吹扫保护工作采用独立的吹扫系统导致燃料电池系统集成度低、结构复杂冗余等缺点。