与玉米行粒数相关的SNP分子标记及其应用属于作物遗传育种分子标记应用技术领域，本发明具体涉及玉米第5号染色体上两个行粒数性状相关的SNP分子标记及应用。其中一个SNP分子标记位于基因Zm00001d018060的内含子区，另一个SNP分子标记位于基因Zm00001d013521的编码区，两个SNP分子标记都是从玉米自交系群体的全基因组关联分析中得到，其核苷酸序列分别如：SEQIDN01和SEQIDN02所示，本发明的SNP分子标记可用于玉米育种过程中行粒数性状的辅助选择，能提高选择的准确性、加快新品种培育的进程。