本发明公开了一种毕氏肠微孢子虫孢壁蛋白单克隆抗体的制备及其应用。基于重组蛋白EbSWP1制得的单克隆抗体对于检测毕氏肠微孢子虫具有良好的特异性，不与虾肝肠微孢子虫、兔脑炎微孢子虫、大肠杆菌等发生反应。本发明制备的单克隆抗体可与荧光素标记物偶联制得免疫荧光抗体，利用该抗体与环境、粪便中的毕氏肠微孢子虫做直接免疫荧光反应，可以快速、灵敏、准确地检验毕氏肠微孢子虫。与实验室最常用的PCR检测方法相比，本发明的免疫荧光检测方法操作简便，耗费时间短，且检测准确度高，以PCR结果为参考，本发明检测方法的准确率高于85％，该方法简便、快速、灵敏、准确的特点使其适用于基层检测应用。