本发明公开了一种基于迁移学习的颅内血管模拟三维模型快速建立方法，包括：获取颅内血管部位的亮血图像组和增强黑血图像组；将每个亮血图像和对应的增强黑血图像进行预处理得到第一亮血图像和第一黑血图像；对第一亮血图像利用基于高斯分布抽样的互信息和图像金字塔的配准方法进行图像配准；将配准后亮血图像组利用最大强度投影法得到各个方向的MIP图；将MIP图作为目标域，将眼底血管图作为源域利用迁移学习方法得到二维血管分割图；将三个方向的二维血管分割图反投影合成得到第一三维血管体数据；并利用配准后亮血图像组对应的第二三维血管体数据得到颅内血管模拟三维模型。本发明能够在临床上简便、快速、直观地获得颅内血管整体状态。