本发明公开了一种不确定奇异摄动系统在线多时间尺度快速自适应控制方法，按以下步骤进行：第一是建立多时间尺度系统神经网络辨识模型；第二是电控装置根据多时间尺度系统神经网络辨识模型对不确定奇异摄动系统进行在线学习并自我更新，不断逼近公式一所表达的不确定奇异摄动系统；第三是电控装置确定公式一所表达的不确定奇异摄动系统的快速自适应最优控制输入模型；第四是电控装置执行在线快速自适应学习率，对快速自适应最优控制输入模型进行在线优化更新。本发明实现对模型不确定奇异摄动系统的在线快速自适应辨识与控制，提高学习速度，通过在线学习和不断优化提高控制精度，整个控制过程无须建立确定的奇异摄动系统模型。