本发明公开了一种燃料电池车辆冷却系统，包括：水泵、电机支路、冷凝器支路、电池支路、散热管路以及冷却回路。水泵的流量输出端分别与电机支路的第一端、冷凝器支路的第一端以及电池支路的第一端连接；散热管路的第一端分别与电机支路的第二端、冷凝器支路的第二端以及电池支路的第二端连接；散热管路的第二端与冷却回路的第一端连接，冷却回路的第二端连接至水泵形成循环回路；电机支路包含用于对驱动电机散热的电机水套，冷凝器支路包含用于对冷凝器散热的冷凝器水套，电池支路包含用于对燃料电池进行散热的电池水套，散热管路用于对所述循环回路中的防冻液进行散热。本发明系统高度集成，降低了成本，节省了发动机舱空间。