本发明属于食品工程的技术领域，涉及一种从荔枝酒蒸馏液中提取低聚糖的方法及其低聚糖的应用，将荔枝酒蒸馏液进行除杂以及杀菌处理，之后进行初步的浓缩以及脱附处理，再之后进行深度的再浓缩处理以及纳滤膜浓缩处理，即得到荔枝低聚糖；所述除杂以及杀菌处理包括采用纤维无纺布过滤除杂。所述荔枝低聚糖还应用于促进乳酸菌胞外多糖的产生，增加乳酸乳酸菌的质构，还应用于食品加工，包括应用于酸奶的制作；应用于发酵培养基的制作，产生乳酸菌胞外多糖。本工艺能够开发和利用荔枝酒蒸馏液中的低聚糖、变废为宝，对延伸荔枝加工产业链、提高荔枝酒行业的整体效益具有良好的促进作用，荔枝低聚糖利于促进乳酸菌胞外多糖在食品加工中的大规模应用。