本发明属于民航航空技术领域，具体涉及一种基于贝叶斯结构学习的航班保障Petri网构建方法及系统，包括以下步骤:根据贝叶斯网络的无自环Petri网描述航班保障计划流程，并得到航班保障计划流程关键点Petri网和先验节点顺序ρ；对航班历史数据进行数据处理得到矩阵形式的历史数据集D；基于先验节点顺序ρ、历史数据集D以及设置的最大父节点个数，通过贝叶斯结构学习K2算法的计算，得到更能体现航班真实流程的航班保障关键点Petri网。相比于航班保障计划流程关键点Petri网，本发明结合先验节点顺序、历史数据以及最大节点个数，通过K2算法构建的航班保障关键点Petri网，预测的结果更准确，更能准确反映航班保障关键节点的真实过程。