本发明公开了一种虚拟标记点过滤方法及系统，该方法包括如下步骤：步骤S1，获取跟踪物上的k个真实标记点的坐标，任意选择一个真实标记点，计算其与其它标记点之间的距离，获得k‑1个数值；步骤S2，利用标记点跟踪装置追踪跟踪物上的标记点，获取标记点跟踪装置获得的m个跟踪标记点的数据，获取m个跟踪标记点的坐标；步骤S3，依次计算每个跟踪标记点跟其余跟踪标记点之间的距离，m个跟踪标记点得到m组距离，每组距离有m‑1个数值；步骤S4，遍历m个跟踪标记点的m组距离，依次将m‑1个数值与步骤S1中获得的k‑1个数值进行匹配，根据匹配结果实现虚拟标记点过滤，本发明可实现过滤共面标记点产生的虚拟标记点的目的。