本发明属于散热器技术领域，公开了一种散热器堵塞检测方法及系统，方法包括：S10、建立散热风扇的转速与散热器上的若干待测点的风速和/或风量的第一对应表；S20、建立发动机环境温度与发动机水温、油温和/或进气温度的第二对应表；S30、检测当前环境温度、发动机水温、油温和/或进气温度以及散热器的待测点的风速和/或风量；在检测的发动机水温、油温和/或进气温度超过第二对应表内与当前环境温度相对应的发动机水温、油温和/或进气温度值，且至少一个待测点的风速和/或风量低于第一对应表内与当前散热风扇的转速相对应的风速和/或风量值时，判定散热器存在堵塞故障。本发明能够实时的检测散热器是否堵塞，避免起火事故。