本发明属于猪的分子标记筛选技术领域，具体涉及与母猪产活仔数和5日龄活仔数关联的分子标记及应用。所述的分子标记克隆自EXOC6B基因片段，该基因片段位于在母猪3号染色体上(rs328171313)，该分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:1所示，在该序列的113位碱基处有一个T/C的等位基因突变，该突变导致PCR‑MboI‑RFLP多态性。本发明还公开了该标记在母猪产活仔数(NBA)和5日龄活仔数(LS5)关联分析中的应用。