一种以磁铁为电极的微生物电化学系统的构建和运行方法，属于微生物电化学的技术领域。本发明要解决现有微生物电化学系统产能与水处理能力不高的问题。构建方法：步骤a、氮气环境下，对磁铁进行不同温度的退磁处理，得到磁铁电极；步骤b、以导电炭黑和PTFE乳液为原料，采用辊压机压制后再辊压到不锈钢网的一侧，煅烧；步骤c、以活性炭和PTFE乳液为原料，采用辊压机压制，压到不锈钢网的另一侧，得到空气阴极；步骤d、组装后密封，即完成构建。运行方法：向微生物电化学系统内注入反应介质，在室温的环境中通过导线上的电阻收集电能，即完成了运行。本发明中磁场促进了阳极产电微生物的富集，从而提高MFC的产电性能和水处理特性。