公开(公告)号：CN109207606A

公开(公告)日：2019-01-15

申请号：CN201811125248.5

申请日：2018-09-26

Applicant: 西南民族大学

Inventor： 兰道亮 ,  陈通 ,  吉文汇 ,  李键 ,  朱育星 ,  蔡雯祎 ,  熊显荣 ,  张大伟

IPC: C12Q1/6888 ,  C12N15/11

CPC classification number: C12Q1/6888 ,  C12Q2600/156

Abstract: 本发明提供了一种用于亲权鉴定的SSR位点的筛选方法和应用，涉及生物技术领域。该筛选方法首先从待筛选SSR位点的物种的全基因组序列中找出所有的潜在SSR位点，然后经过依次的筛选和过滤筛选出候选的SSR位点；然后使用模拟筛选的方法，依据待筛选SSR位点的物种的遗传特征，构建模拟亲代并杂交产生子代，以验证能够用于亲权鉴定的SSR位点的特征；然后将候选SSR位点按照PE值排序，然后筛选出符合如下条件的SSR位点：(b1)MAF值≤M；(b2)缺失值比例＜10％；(b3)任意两个SSR位点的距离＞LD衰减距离；(b4)重复单元≥N；满足上述条件的SSR位点可用于亲权鉴定。

公开(公告)号：CN109207606B

公开(公告)日：2019-06-21

申请号：CN201811125248.5

申请日：2018-09-26

Applicant: 西南民族大学

Inventor： 兰道亮 ,  陈通 ,  吉文汇 ,  李键 ,  朱育星 ,  蔡雯祎 ,  熊显荣 ,  张大伟

IPC: C12Q1/6888 ,  C12N15/11

Abstract: 本发明提供了一种用于亲权鉴定的SSR位点的筛选方法和应用，涉及生物技术领域。该筛选方法首先从待筛选SSR位点的物种的全基因组序列中找出所有的潜在SSR位点，然后经过依次的筛选和过滤筛选出候选的SSR位点；然后使用模拟筛选的方法，依据待筛选SSR位点的物种的遗传特征，构建模拟亲代并杂交产生子代，以验证能够用于亲权鉴定的SSR位点的特征；然后将候选SSR位点按照PE值排序，然后筛选出符合如下条件的SSR位点：(b1)MAF值≤M；(b2)缺失值比例＜10％；(b3)任意两个SSR位点的距离＞LD衰减距离；(b4)重复单元≥N；满足上述条件的SSR位点可用于亲权鉴定。