公开(公告)号：CN113913495B

公开(公告)日：2024-03-22

申请号：CN202111263987.2

申请日：2021-10-28

Applicant: 臻和(北京)生物科技有限公司 ,  无锡臻和生物科技有限公司

Inventor： 韩弥朋 ,  许青 ,  陈雪 ,  刘鹤 ,  苏琳

IPC: C12Q1/6806

Abstract: 本发明涉及生物技术领域，尤其涉及Duplex UMI接头及测序方法。本发明提供的固定的Duplex UMI接头设计可以在生信分析时进行UMI错误校正，提高原始DNA分子计数时的准确性；并且，针对该接头建立了一套快速的质检方法，可以不进行杂交的步骤，从而大大缩短检测周期。

公开(公告)号：CN113913495A

公开(公告)日：2022-01-11

申请号：CN202111263987.2

申请日：2021-10-28

Applicant: 臻和(北京)生物科技有限公司 ,  无锡臻和生物科技有限公司

Inventor： 韩弥朋 ,  许青 ,  陈雪 ,  刘鹤 ,  苏琳

IPC: C12Q1/6806

Abstract: 本发明涉及生物技术领域，尤其涉及Duplex UMI接头及测序方法。本发明提供的固定的Duplex UMI接头设计可以在生信分析时进行UMI错误校正，提高原始DNA分子计数时的准确性；并且，针对该接头建立了一套快速的质检方法，可以不进行杂交的步骤，从而大大缩短检测周期。

公开(公告)号：CN113897686B

公开(公告)日：2022-04-01

申请号：CN202111495620.3

申请日：2021-12-09

Applicant: 臻和(北京)生物科技有限公司 ,  无锡臻和生物科技有限公司

Inventor： 李凤明 ,  魏丽 ,  许青 ,  陈维之 ,  杜波

IPC: C40B50/06 ,  C12N15/11 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明涉及高通量测序技术领域，具体涉及一种适用于单端测序的扩增子文库构建引物组和构建方法。本发明提供的引物组包含至少1个目标扩增子的多重引物对；针对每个目标扩增子，所述多重引物对包含2对多重引物，每对多重引物包含1条多重上游引物和1条多重下游引物；所述多重上游引物和多重下游引物均包含接头序列和目标扩增子特异性引物序列；所述2对多重引物中，2条多重上游引物所含接头序列不同，2条多重下游引物所含接头序列也不同。该引物组可用于构建适用于单端测序的扩增子文库，有效降低了测序时间，缩短了TAT时间。

公开(公告)号：CN113897686A

公开(公告)日：2022-01-07

申请号：CN202111495620.3

申请日：2021-12-09

Applicant: 臻和(北京)生物科技有限公司 ,  无锡臻和生物科技有限公司

Inventor： 李凤明 ,  魏丽 ,  许青 ,  陈维之 ,  杜波

IPC: C40B50/06 ,  C12N15/11 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明涉及高通量测序技术领域，具体涉及一种适用于单端测序的扩增子文库构建引物组和构建方法。本发明提供的引物组包含至少1个目标扩增子的多重引物对；针对每个目标扩增子，所述多重引物对包含2对多重引物，每对多重引物包含1条多重上游引物和1条多重下游引物；所述多重上游引物和多重下游引物均包含接头序列和目标扩增子特异性引物序列；所述2对多重引物中，2条多重上游引物所含接头序列不同，2条多重下游引物所含接头序列也不同。该引物组可用于构建适用于单端测序的扩增子文库，有效降低了测序时间，缩短了TAT时间。

公开(公告)号：CN113488105B

公开(公告)日：2022-01-18

申请号：CN202111046575.3

申请日：2021-09-08

Applicant: 臻和(北京)生物科技有限公司 ,  臻悦生物科技江苏有限公司

Inventor： 赵利利 ,  郑露露 ,  王璐 ,  魏丽 ,  许青 ,  杜波

IPC: G16B30/00 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明提供了一种基于扩增子二代测序MSI检测的微卫星位点、其筛选方法及应用。其中筛选方法包括：选取7~15bp的A或T的单碱基重复序列且两翼序列相似值低于相似阈值的微卫星位点，记作第一位点集；根据测序reads的读长要求设计各微卫星位点的扩增引物和测序方向，使得测序reads能够完全跨越各微卫星位点区域；获取扩增子文库的测序数据并筛选统计出第一位点集中每个位点的重复单元的类型及其频率；选择满足频率最高的重复单元的类型与参考序列一致及人群中的多态性低于5%的位点作为第二位点集；统计并保留第二位点集中在阴性和阳性样本组间deletion ratio存在显著差异的位点。这些位点具有更高的灵敏度和特异性。

公开(公告)号：CN113488105A

公开(公告)日：2021-10-08

申请号：CN202111046575.3

申请日：2021-09-08

Applicant: 臻和(北京)生物科技有限公司 ,  臻悦生物科技江苏有限公司

Inventor： 赵利利 ,  郑露露 ,  王璐 ,  魏丽 ,  许青 ,  杜波

IPC: G16B30/00 ,  C12Q1/6869

Abstract: 本发明提供了一种基于扩增子二代测序MSI检测的微卫星位点、其筛选方法及应用。其中筛选方法包括：选取7~15bp的A或T的单碱基重复序列且两翼序列相似值低于相似阈值的微卫星位点，记作第一位点集；根据测序reads的读长要求设计各微卫星位点的扩增引物和测序方向，使得测序reads能够完全跨越各微卫星位点区域；获取扩增子文库的测序数据并筛选统计出第一位点集中每个位点的重复单元的类型及其频率；选择满足频率最高的重复单元的类型与参考序列一致及人群中的多态性低于5%的位点作为第二位点集；统计并保留第二位点集中在阴性和阳性样本组间deletion ratio存在显著差异的位点。这些位点具有更高的灵敏度和特异性。