公开(公告)号：CN103649316B

公开(公告)日：2017-07-28

申请号：CN201280032765.2

申请日：2012-05-02

申请人： 约翰霍普金斯大学

发明人： 斯图尔特·坎贝尔·雷 ,  苏普里娅·穆恩肖 ,  林·刘

IPC分类号： C12N15/33 ,  C12N5/10 ,  C12N15/11 ,  C12Q1/68 ,  G01N33/569 ,  A61K39/12

CPC分类号： A61K39/29 ,  A61K39/12 ,  A61K2039/53 ,  C07K14/005 ,  C07K16/109 ,  C12N7/00 ,  C12N9/0069 ,  C12N2770/24221 ,  C12N2770/24234 ,  G01N33/56983 ,  G01N33/5767

摘要： 使用Bayesian系统发生树分析、祖先序列重建和协方差分析的本发明的方法提供了包括被称为Bole1a和Bole1b的1a和1b基因组的合成的代表性的HCV亚型。Bole1a集中分支在用于其设计的390条全基因组序列、谨慎组织的143条序列全基因组数据集和包括来自Baltimore定群的214条E1E2序列的独立的组的单独的基因组区中。Bole1a是广泛流行的毒株的系统发生代表。全基因组非同义多样性比较和9‑mer肽覆盖分析显示Bole1a能够比包括传统的参考序列H77的数据集中任何其他序列提供更多的覆盖（分别地94%和78%）。当与所有已知的T细胞表位相比时，Bole1a还提供了无与伦比的表位覆盖。

公开(公告)号：CN103649316A

公开(公告)日：2014-03-19

申请号：CN201280032765.2

申请日：2012-05-02

申请人： 约翰霍普金斯大学

发明人： 斯图尔特·坎贝尔·雷 ,  苏普里娅·穆恩肖 ,  林·刘

IPC分类号： C12N15/33 ,  C12N5/10 ,  C12N15/11 ,  C12Q1/68 ,  G01N33/569 ,  A61K39/12

CPC分类号： A61K39/29 ,  A61K39/12 ,  A61K2039/53 ,  C07K14/005 ,  C07K16/109 ,  C12N7/00 ,  C12N9/0069 ,  C12N2770/24221 ,  C12N2770/24234 ,  G01N33/56983 ,  G01N33/5767

摘要： 使用Bayesian系统发生树分析、祖先序列重建和协方差分析的本发明的方法提供了包括被称为Bole1a和Bole1b的1a和1b基因组的合成的代表性的HCV亚型。Bole1a集中分支在用于其设计的390条全基因组序列、谨慎组织的143条序列全基因组数据集和包括来自Baltimore定群的214条E1E2序列的独立的组的单独的基因组区中。Bole1a是广泛流行的毒株的系统发生代表。全基因组非同义多样性比较和9-mer肽覆盖分析显示Bole1a能够比包括传统的参考序列H77的数据集中任何其他序列提供更多的覆盖（分别地94%和78%）。当与所有已知的T细胞表位相比时，Bole1a还提供了无与伦比的表位覆盖。