一种地方鸡中低密度10K全基因组SNP液相芯片及其应用

    公开(公告)号:CN117187410A

    公开(公告)日:2023-12-08

    申请号:CN202311218053.6

    申请日:2023-09-20

    Abstract: 本发明涉及一种地方鸡中低密度10K全基因组SNP液相芯片及其应用。本发明通过全基因组重测序技术获得地方鸡58个品种的955个个体的全基因组遗传信息,通过严格筛选获得45669个SNP分子标记组成的基础数据集,再进一步遴选出10046个SNP分子标记,并以遴选的SNP分子标记为检测靶点构建SNP液相芯片。本发明的SNP液相芯片具有目标区域数据覆盖度和均一性好、基因分型检出率高的优势,极大地降低了基因组分型成本。同时,计算其与高密度40K全基因组SNP液相芯片亲缘系数矩阵,平均相关系数达到95.18%,证明在采用基因组选择技术进行分子育种时,可以代替40K SNP的液相芯片,实现快速低成本。

    一种决定鸭白羽性状的转座子多态分子标记LTR/Gypsy及鉴定方法

    公开(公告)号:CN115820874B

    公开(公告)日:2025-05-23

    申请号:CN202211272204.1

    申请日:2022-10-18

    Abstract: 本发明提供了一种决定鸭白羽性状的转座子多态分子标记LTR/Gypsy及其在鉴定鸭白羽性状或选育白羽鸭中的应用,所述分子标记位于鸭MITF基因的内含子区域,为插入型多态分子标记,核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明还提供了检测鸭MITF基因中转座子多态分子标记LTR/Gypsy的物质在鉴定鸭白羽性状或选育白羽鸭中的应用,所述检测物质为扩增所述转座子多态分子标记的等位基因特异性引物,所述引物序列分别包含SEQ IDNO.2、3、4所示的DNA分子。本发明的优势在于:提供的转座子多态分子标记LTR/Gypsy多态性高、基因组分布广泛,采用等位基因特异性引物进行扩增,然后进行电泳检测分析,只需基因组模板,无需特殊设备,带型清晰,能够简单、快速、低成本、精确地检测其插入多态性,可在早期筛选出具有白羽性状的肉鸭,对于我国肉鸭养殖业具有重要意义。

    一种决定鸭白羽性状的转座子多态分子标记LTR/Gypsy及鉴定方法

    公开(公告)号:CN115820874A

    公开(公告)日:2023-03-21

    申请号:CN202211272204.1

    申请日:2022-10-18

    Abstract: 本发明提供了一种决定鸭白羽性状的转座子多态分子标记LTR/Gypsy及其在鉴定鸭白羽性状或选育白羽鸭中的应用,所述分子标记位于鸭MITF基因的内含子区域,为插入型多态分子标记,核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明还提供了检测鸭MITF基因中转座子多态分子标记LTR/Gypsy的物质在鉴定鸭白羽性状或选育白羽鸭中的应用,所述检测物质为扩增所述转座子多态分子标记的等位基因特异性引物,所述引物序列分别包含SEQ IDNO.2、3、4所示的DNA分子。本发明的优势在于:提供的转座子多态分子标记LTR/Gypsy多态性高、基因组分布广泛,采用等位基因特异性引物进行扩增,然后进行电泳检测分析,只需基因组模板,无需特殊设备,带型清晰,能够简单、快速、低成本、精确地检测其插入多态性,可在早期筛选出具有白羽性状的肉鸭,对于我国肉鸭养殖业具有重要意义。

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