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公开(公告)号：CN112768001A
公开(公告)日：2021-05-07
申请号：CN202110109386.X
申请日：2021-01-27
Applicant: 湖南大学
Abstract: 本发明涉及生物信息学中的数据挖掘领域，具体涉及一种基于流形学习和主曲线的单细胞轨迹推断方法。其发明内容主要包括：(1)收集已知单细胞RNA‑seq相关数据；(2)进行特征提取，选择可变基因作为特征；(3)进行数据降维，缓解维度诅咒；(4)局部定义主曲线，提出了一个初始化过程；(5)应用分段子空间约束的均值移动算法建立最终主曲线模型；(6)对模型进行伪时间分析，建立直树拓扑图；(7)在直树拓扑图上进行差异表达基因检测。本发明提供了一种单细胞轨迹推断方法，以重建和捕获有机体内的谱系关系，能够检测差异表达基因，获取到基于对细胞分化的影响。本发明的方法可行且有效，对于研究组织或有机体内谱系关系和实现精准医疗具有重要意义。
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