公开(公告)号：CN114664384A

公开(公告)日：2022-06-24

申请号：CN202210283261.3

申请日：2022-03-22

Applicant: 山东省计算中心(国家超级计算济南中心)

Inventor： 郭浩宇 ,  杨超超 ,  王嘉祥 ,  王继彬 ,  潘景山 ,  郭猛

IPC: G16B50/30 ,  G16B30/00 ,  G06F9/50

Abstract: 本发明属于超算互联网领域，具体涉及一种基于超算互联网的生物信息分析系统及方法。该系统包括，生物信息分析平台web门户，用于接受用户发送的作业信息，并将所述作业信息发送至数据分析模块；所述数据分析模块，用于分析用户作业信息所需资源信息并发送给超算资源调度系统；所述超算资源调度系统，用于检测超算集群中资源配置信息和匹配用户申请资源信息，得到最适合的超算资源，并将所述作业信息发送至超算集群；所述超算集群执行作业内容，其中，超算集群包括若干个超算算力资源。

公开(公告)号：CN115525290A

公开(公告)日：2022-12-27

申请号：CN202211200314.7

申请日：2022-09-29

Applicant: 山东省计算中心(国家超级计算济南中心) ,  齐鲁工业大学

Inventor： 杨超超 ,  王志浩 ,  郭猛 ,  柳安军

IPC: G06F8/41

Abstract: 本发明涉及软件编译安装技术领域，提供了一种众核混合编译方法及系统，包括：获取对第一性原理软件进行函数插桩后得到的插桩后的源程序；编译插桩过的源程序、以及编写的主从核中间函数和从核函数，并将源程序编译后生成的目标程序文件、主从核中间函数目标程序文件以及从核函数目标程序文件链接成可执行程序；并规定了源程序、主从核中间函数和从核函数之间的调用逻辑。实现了第一性原理软件可以在从核上运行以发挥从核的计算能力，解决了第一性原理软件编程语言和众核编程语言混合编译、增量编译的难题。

公开(公告)号：CN114649052A

公开(公告)日：2022-06-21

申请号：CN202210283254.3

申请日：2022-03-22

Applicant: 山东省计算中心(国家超级计算济南中心)

Inventor： 郭浩宇 ,  杨超超 ,  王嘉祥 ,  王继彬 ,  潘景山 ,  郭猛

IPC: G16B15/00 ,  G16B30/00 ,  G16B50/30

Abstract: 本发明公开了基于超算互联网的RNA结构预测方法及系统，包括：获取待预测的RNA序列；对待预测的RNA序列进行编辑；对编辑后的RNA序列，进行RNA二级结构预测，得到RNA二级结构预测结果；从RNA二级结构预测结果中进行文件提取，得到文件提取结果；基于RNA二级结构文件提取结果和待预测的RNA序列，进行RNA三级结构预测，得到RNA三级结构预测结果；比较RNA三级结构预测结果与参考结构之间的差异，通过多个指标对差异进行衡量，选择最优的预测结构作为最终结构；其中，对待预测的RNA序列进行编辑、进行RNA二级结构预测和进行RNA三级结构预测；均调度多个超算算力资源进行实现。

公开(公告)号：CN114649052B

公开(公告)日：2024-10-25

申请号：CN202210283254.3

申请日：2022-03-22

Applicant: 山东省计算中心(国家超级计算济南中心)

Inventor： 郭浩宇 ,  杨超超 ,  王嘉祥 ,  王继彬 ,  潘景山 ,  郭猛

IPC: G16B15/00 ,  G16B30/00 ,  G16B50/30

Abstract: 本发明公开了基于超算互联网的RNA结构预测方法及系统，包括：获取待预测的RNA序列；对待预测的RNA序列进行编辑；对编辑后的RNA序列，进行RNA二级结构预测，得到RNA二级结构预测结果；从RNA二级结构预测结果中进行文件提取，得到文件提取结果；基于RNA二级结构文件提取结果和待预测的RNA序列，进行RNA三级结构预测，得到RNA三级结构预测结果；比较RNA三级结构预测结果与参考结构之间的差异，通过多个指标对差异进行衡量，选择最优的预测结构作为最终结构；其中，对待预测的RNA序列进行编辑、进行RNA二级结构预测和进行RNA三级结构预测；均调度多个超算算力资源进行实现。

公开(公告)号：CN115408006A

公开(公告)日：2022-11-29

申请号：CN202211026230.6

申请日：2022-08-25

Applicant: 山东省计算中心(国家超级计算济南中心) ,  齐鲁工业大学

Inventor： 杨超超 ,  郭猛 ,  柳安军 ,  侯洁 ,  王俊洁

IPC: G06F8/41 ,  G06F11/36

Abstract: 本发明提出了一种基于VASP软件的众核优化方法及系统，属于众核优化领域,采用源程序自动插桩法对待优化程序的内部循环进行计量，得到循环的计算量估计值；根据函数内循环的计算量估计值，计算函数的可优化分数，基于可优化分数，选择可优化目标函数；根据可优化分数、计算模式和数据传输，将可优化目标函数分为计算密集型和通讯密集型，对两种类型函数采取不同的方式进行优化；本发明通过对程序内循环进行计时评估计算量大小、选择需要优化的目标函数、根据计算量大小自适应选择从核加速，实现函数计算量的量化分析、可优化位置的选定、从核加速的自适应选择，充分利用众核的计算性能，缩短算例运算的计算时长，减少不必要的能耗。

公开(公告)号：CN115132368A

公开(公告)日：2022-09-30

申请号：CN202210610002.7

申请日：2022-05-31

Applicant: 山东省计算中心(国家超级计算济南中心) ,  齐鲁工业大学

Inventor： 杨超超 ,  郭猛 ,  柳安军 ,  郭浩宇 ,  侯洁 ,  王俊洁 ,  王嘉祥

IPC: G16H50/80

Abstract: 本发明属于传染病防控领域，提供了一种基于大数据平台的传染病防控监测方法及系统，获取居民的历史轨迹信息；将居民的历史轨迹信息按照定位的行政区域、时间以及人员位置进行存储；根据上报的确诊病例，追溯确诊病例的行程轨迹，基于确诊病例的行程轨迹确定一级接触者的行程轨迹和二级接触者的行程轨迹；按倍速回放确诊病例、一级接触者、二级接触者的历史轨迹，确定防控区域和追溯传染病起源；根据防控区域和传染病起源执行防控措施，下发防控通知；本发明根据上报的确诊病例的轨迹信息，以病毒存活时间以及确诊病例的危险传播范围为约束进行建模并求解，确定一级接触者和二级接触者，达到对传染病精准隔离、科学防控的效果。