特征量计算方法、筛选方法及化合物创建方法

    公开(公告)号:CN116157680A

    公开(公告)日:2023-05-23

    申请号:CN202180063534.7

    申请日:2021-09-28

    Abstract: 本发明的一个实施方式提供一种能够计算出准确表示对象结构体的化学性质的特征量的特征量计算方法、能够使用特征量有效进行医药候选化合物的筛选的筛选方法、能够使用特征量有效创建医药候选化合物的立体结构的化合物创建方法。在本发明的一方式中,特征量计算方法具有:对象结构体指定工序,指定由具有化学性质的多个单元结构体构成的对象结构体;立体结构获取工序,针对对象结构体获取基于多个单元结构体的立体结构;及探针特征量计算工序,计算出表示相对于对象结构体的1种以上的探针的截面积的特征量,探针为具有实数电荷且产生范德华力的多个点分开配置的结构体。

    特征量计算方法、筛选方法、以及化合物创建方法

    公开(公告)号:CN111279419B

    公开(公告)日:2023-10-10

    申请号:CN201880067748.X

    申请日:2018-10-03

    Abstract: 本发明提供一种能够计算出准确表示对象结构体的化学性质的特征量的特征量计算方法、能够使用特征量来有效进行医药候选化合物的筛选的筛选方法、及能够使用特征量来有效创建医药候选化合物的立体结构的化合物创建方法。对象结构体的化学性质被表示为对象结构体与其周围的探针之间的相互作用的结果,因此在对象结构体彼此之间探针的聚集程度(特征量)相似是表示这些对象结构体的化学性质相似的情况。因此,通过本发明的一方式所涉及的特征量计算方法,能够计算出准确表示对象结构体的化学性质的特征量。

    化合物搜索装置、化合物搜索方法及化合物搜索程序

    公开(公告)号:CN119698661A

    公开(公告)日:2025-03-25

    申请号:CN202380059349.X

    申请日:2023-07-07

    Abstract: 本发明的一方式提供一种能够有效地搜索具有活性和膜透过性的低分子化合物的化合物搜索装置、化合物搜索方法及化合物搜索程序。在本发明的一方式所涉及的化合物搜索装置中,处理器进行如下处理:将配体在与目标蛋白质的键合力中所占的比例成为所指定的值以上的一部分部位确定为主要部位,并计算与氨基酸相对于配体的聚集程度有关的特征量中源自主要部位的部分特征量。并且,处理器计算针对搜索对象化合物的特征量与部分特征量的相似度。处理器将搜索对象化合物的相似度与表示搜索对象化合物的分子量和/或活性的信息建立对应关联并使其输出到记录装置和/或显示装置。

    化合物搜索方法、化合物搜索程序、记录介质及化合物搜索装置

    公开(公告)号:CN112689878A

    公开(公告)日:2021-04-20

    申请号:CN201980059942.8

    申请日:2019-09-13

    Inventor: 中林淳

    Abstract: 本发明的目的在于提供一种能够有效率地搜索化合物的结构的化合物搜索方法、化合物搜索程序、记录介质及化合物搜索装置。在第1方式所涉及的化合物搜索方法中,进行根据候选结构的物理特性值是否因化学结构的变化而接近物理特性值的目标值来进行判断的第1采用处理,当未采用第1采用处理的结果候选结构时,进行根据结构多样性是否增加来进行判断的第2采用处理,进行第1采用处理及第2采用处理的结果,当未采用候选结构时,进行拒绝化学结构的变化并且恢复为发生变化之前的化学结构的拒绝处理,因此提高结构的多样性来促进脱离局部最小值,能够有效率地搜索具有所期望的物理特性值即目标值的化合物的结构。

    化合物的合成适用性的评价方法、化合物的合成适用性的评价程序及化合物的合成适用性的评价装置

    公开(公告)号:CN112689877A

    公开(公告)日:2021-04-20

    申请号:CN201980059938.1

    申请日:2019-09-13

    Abstract: 本发明提供一种评价在计算机上生成和/或改变的化合物的合成适用性的化合物的合成适用性的评价方法、化合物的合成适用性的评价程序及化合物的合成适用性的评价装置。一种化合物的合成适用性的评价方法及执行程序、装置,所述化合物的合成适用性的评价方法具有如下工序:选择容纳有多个基准化合物的化合物数据库的工序;决定作为评价对象的化合物的结构的工序;从容纳于化合物数据库中的基准化合物的结构中提取基准原子排列并求出基准原子排列的基准出现频度的工序;从化合物的结构中提取原子排列并求出原子排列的出现频度的工序;及根据化合物的原子排列中所包含的键条数及与原子排列相对应的基准原子排列的出现频度来评价合成适用性的工序。

    化合物结构的生成方法、化合物结构的生成程序及化合物结构的生成装置

    公开(公告)号:CN112689876A

    公开(公告)日:2021-04-20

    申请号:CN201980059785.0

    申请日:2019-09-13

    Inventor: 中林淳

    Abstract: 本发明提供一种能够获取具有合成适用性的改变的化合物结构的化合物结构的生成方法、化合物结构的生成程序及化合物结构的生成装置。化合物结构的生成方法具备:工序(A),准备评价合成适用性的基准的化合物数据库及化合物结构;工序(B),选择对化合物结构追加原子或原子团或者从化合物结构中删除原子或原子团中的任一个;工序(C),当选择了对化合物结构追加原子或原子团时,使新型原子或新型原子团键合于选自化合物结构中所包含的原子中的原子上,或者,当选择了从化合物结构中删除原子或原子团时,删除选自化合物结构中所包含的原子或原子团中的原子或原子团而得到改变的化合物结构;工序(D),根据化合物数据库的信息来判断改变的化合物结构的合成适用性;工序(E),当改变的化合物结构具有合成适用性时,概率上允许改变,当改变的化合物结构不具有合成适用性时,概率上拒绝改变;及工序(F),重复进行工序(B)~(E),直至经过了工序(E)的化合物结构满足结束条件。

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