公开(公告)号：CN109411022A

公开(公告)日：2019-03-01

申请号：CN201811317917.9

申请日：2018-11-07

Applicant: 宁夏农林科学院农业生物技术研究中心(宁夏农业生物技术重点实验室)

Inventor： 陈晓军 ,  樊云芳 ,  马斯霜 ,  白海波 ,  惠建 ,  李树华

IPC: G16B30/10 ,  G16B45/00

Abstract: 本发明属于基因工程领域，尤其涉及一种基于字符切片技术的含PAM（Protospacer Adjacent Motif）结构gRNA靶向序列筛选方法及应用系统。包括以下步骤：(1)读入目标基因的脱氧核苷酸（DNA）序列文件数据；(2)交互式界面输入需要分析筛选的PAM序列；(3)解读PAM模块将指定PAM基序转换成字符列表；(4)比较子字符串模块将PAM基序转换成字符列表逐一与移动窗口序列给定位置进行比较，并判断逻辑关系。(5)全程搜索模块在给定的DNA序列及其反向互补序列中搜索满足条件的序列并存储到空列表中。(6)文件输出模块将结果以文本或电子表格形式呈现。本发明解决了现有技术无法实现对给定DNA序列中筛选含有任意PAM识别基序的gRNA靶序列的筛选问题，为下一步gRNA靶序列的评估和选择奠定技术基础。

公开(公告)号：CN112813081B

公开(公告)日：2022-10-28

申请号：CN202110204207.0

申请日：2021-02-23

Applicant: 宁夏农林科学院农业生物技术研究中心(宁夏农业生物技术重点实验室)

Inventor： 陈晓军 ,  樊云芳 ,  白海波 ,  惠建 ,  马斯霜 ,  李树华

IPC: C12N15/53 ,  C12N15/82 ,  A01H5/00 ,  A01H6/46

Abstract: 本发明公开了一种获得高含量亚油酸水稻株系的方法，过程包括：在水稻ω‑3脂肪酸去饱和酶基因FAD3.1、FAD3.2cDNA高度一致的区域设计靶位点，将任一gRNA片段与AarI‑Cas9‑PC1300载体连接，得到基因编辑载体F AD3‑S‑PC1300；将得到的基因编辑载体FAD3‑S‑PC1300通过农杆菌侵染水稻，对水稻进行基因编辑，得到FAD3突变体；分析FAD3突变体的基因型，并对FAD3双突变体水稻中脂肪酸含量进行测定，同时观察籽粒主要农艺性状，得到了不改变主要籽粒农艺性状高亚油酸含量的水稻基因型。

公开(公告)号：CN112813081A

公开(公告)日：2021-05-18

申请号：CN202110204207.0

申请日：2021-02-23

Applicant: 宁夏农林科学院农业生物技术研究中心(宁夏农业生物技术重点实验室)

Inventor： 陈晓军 ,  樊云芳 ,  白海波 ,  惠建 ,  马斯霜 ,  李树华

IPC: C12N15/53 ,  C12N15/82 ,  A01H5/00 ,  A01H6/46

Abstract: 本发明公开了一种获得高含量亚油酸水稻株系的方法，过程包括：在水稻ω‑3脂肪酸去饱和酶基因FAD3.1、FAD3.2cDNA高度一致的区域设计靶位点，将任一gRNA片段与AarI‑Cas9‑PC1300载体连接，得到基因编辑载体F AD3‑S‑PC1300；将得到的基因编辑载体FAD3‑S‑PC1300通过农杆菌侵染水稻，对水稻进行基因编辑，得到FAD3突变体；分析FAD3突变体的基因型，并对FAD3双突变体水稻中脂肪酸含量进行测定，同时观察籽粒主要农艺性状，得到了不改变主要籽粒农艺性状高亚油酸含量的水稻基因型。