基于深度学习的空间转录组分析方法、装置及可读介质

    公开(公告)号:CN116994245A

    公开(公告)日:2023-11-03

    申请号:CN202310961931.7

    申请日:2023-08-02

    Applicant: 厦门大学

    Abstract: 本发明公开了一种基于深度学习的空间转录组分析方法、装置及可读介质,通过构建实例分割神经网络并训练,得到细胞核分割模型,实例分割神经网络包括层次变换编码器和全连接解码器,细胞核图像输入细胞核分割模型,得到细胞核分割结果,并确定细胞的位置信息;获取由空间转录组学生成的核糖核酸分子的坐标,根据细胞核分割结果和核糖核酸分子的坐标将每个核糖核酸分子分配给与其距离最短的细胞,并形成单细胞表达矩阵;根据单细胞表达矩阵对细胞进行细胞类型注释,得到细胞类型,根据细胞类型和细胞的位置信息识别得到解剖区域;采用点云技术进行三维可视化,重建组织或器官表面轮廓,该方法能够快速且准确的进行细胞分割。

    一种含稳定同位素的蛋白质羧基磷酸化标记试剂及其制备方法与应用

    公开(公告)号:CN114736238A

    公开(公告)日:2022-07-12

    申请号:CN202210386769.6

    申请日:2022-04-14

    Applicant: 厦门大学

    Abstract: 本发明公开了一种含稳定同位素的蛋白质羧基磷酸化标记试剂及其制备方法与应用,所述蛋白质羧基磷酸化标记试剂为含氘‑2、碳‑13和氧‑18等稳定同位素标记的有机磷试剂。所述标记试剂的制备步骤为:(1)叔丁氧羰基保护的溴胺的制备;(2)叔丁氧羰基保护的含稳定同位素的氨基膦酸酯的制备:(3)含稳定同位素的氨基膦酸酯的制备。本发明所提供的标记试剂可作为蛋白质羧基磷酸化修饰标记分子探针,对蛋白质羧基磷酸化修饰位点特有的羧基磷酸混酐基团进行选择性高效标记,实现具有不稳定性的羧基磷酸化修饰到稳定酰胺结构的化学转换,然后通过质谱表征进行定性和定量分析。本发明所提供的方法具有较好的准确性、高灵敏度及广泛的适用性等优点。

    一种含等重稳定同位素的磷酰化蛋白标记试剂及其制备方法与应用

    公开(公告)号:CN111499686A

    公开(公告)日:2020-08-07

    申请号:CN202010303845.3

    申请日:2020-04-17

    Applicant: 厦门大学

    Abstract: 本发明公开了一种含等重稳定同位素的磷酰化蛋白标记试剂及其制备方法与应用,所述蛋白标记试剂为含氘-2、碳-13、氧-18和氮-15等稳定同位素标记的磷酰化二肽有机磷试剂。所述蛋白标记试剂的制备方法为:(1)N端保护的含等重稳定同位素的氨基酸制备,(2)含等重稳定同位素的氨基酸活化酯Fmoc/Boc-R1-NHS的制备,(3)含等重稳定同位素的二肽的制备,(4)含等重稳定同位素的亚磷酸酯的制备,(5)含等重稳定同位素的亚磷酸酯二肽的制备,(6)稳定同位素标记N-磷酰化氨基酸活化酯的制备。本发明所提供的蛋白标记试剂可实现多肽、标准蛋白、细胞中蛋白质、尿样及血样中蛋白定量分析,具有较好的准确性、高灵敏度、无同位素效应干扰及广泛的适用性等优点。

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