基于免疫治疗疗效与毒性关系的免疫调节基因分类方法

    公开(公告)号:CN117316291B

    公开(公告)日:2024-08-09

    申请号:CN202311363485.6

    申请日:2023-10-20

    Abstract: 本发明公开了一种基于免疫治疗疗效与毒性关系的免疫调节基因分类方法,包括:获取若干ICB治疗患者的治疗前转录组二代测序数据和治疗期间组二代测序数据;对治疗前转录组二代测序数据和治疗期间组二代测序数据进行差异性分析得到若干免疫治疗调节基因;获取各瘤种对应的免疫相关不良反应比值比和免疫治疗客观缓解率;获取癌症基因组图谱中各瘤种的mRNA表达谱数据,基于各瘤种的mRNA表达谱数据得到免疫治疗调节基因的中位表达值;分别对免疫治疗调节基因的中位表达值与免疫相关不良反应比值比、免疫治疗客观缓解率进行相关性分析,得到相关性关系;基于相关性关系对免疫治疗调节基因进行分类。

    基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法

    公开(公告)号:CN116206682B

    公开(公告)日:2023-10-24

    申请号:CN202310217562.0

    申请日:2023-03-08

    Abstract: 本发明公开基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法,包括:获取抗血管治疗队列数据并筛选抗血管治疗显著改变的基因、在TCGA数据库泛癌种基因表达谱进行加权共表达网络分析、分析基因模块的生物功能及其在抗血管治疗中发挥的作用以及根据筛选的基因模块对肿瘤进行与治疗疗效和预后有关的分型;本发明通过抗血管治疗队列数据整合分析抗血管治疗基因表达谱,提供肿瘤抗血管治疗中表达显著改变的基因,并通过加权共表达网络分析构建共表达基因模块,再对基因模块进行筛选,对患者肿瘤的分型,使该分型方法与肿瘤抗血管治疗反应性和预后有极强的相关性,有助于肿瘤抗血管治疗决策并提高对抗血管治疗肿瘤微环境改变和治疗耐药的理解。

    基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法

    公开(公告)号:CN116206682A

    公开(公告)日:2023-06-02

    申请号:CN202310217562.0

    申请日:2023-03-08

    Abstract: 本发明公开基于抗血管治疗显著改变共表达基因模块的肿瘤分型方法,包括:获取抗血管治疗队列数据并筛选抗血管治疗显著改变的基因、在TCGA数据库泛癌种基因表达谱进行加权共表达网络分析、分析基因模块的生物功能及其在抗血管治疗中发挥的作用以及根据筛选的基因模块对肿瘤进行与治疗疗效和预后有关的分型;本发明通过抗血管治疗队列数据整合分析抗血管治疗基因表达谱,提供肿瘤抗血管治疗中表达显著改变的基因,并通过加权共表达网络分析构建共表达基因模块,再对基因模块进行筛选,对患者肿瘤的分型,使该分型方法与肿瘤抗血管治疗反应性和预后有极强的相关性,有助于肿瘤抗血管治疗决策并提高对抗血管治疗肿瘤微环境改变和治疗耐药的理解。

    一种基于基因组拷贝数变异的生物标志物预测卵巢癌同源重组缺陷的方法及应用

    公开(公告)号:CN113684277A

    公开(公告)日:2021-11-23

    申请号:CN202111046756.6

    申请日:2021-09-06

    Abstract: 本发明涉及生物医学领域,具体涉及一种基于基因组拷贝数变异的生物标志物预测卵巢癌同源重组缺陷的方法及应用。所述生物标志物为基于染色体片段5q13.2、8q24.2或19q12中任意一种的CNV。所述生物标志物预测卵巢癌同源重组缺陷的方法为:收集卵巢癌患者的手术切除样本或组织活检样本;对样本进行DNA测序,得到相应的测序文件;利用GISTIC 2.0对DNA测序文件进行分析,得到肿瘤全基因组的CNV图谱;基于染色体片段5q13.2、8q24.2或19q12的CNV预测卵巢癌的HRD状态。本发明提供亚染色体和基因水平的拷贝数变异CNV在预测卵巢癌患者的同源重组缺陷中的应用,从而筛选靶向治疗的潜在获益人群,为HRD患者带来更多的临床受益。

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