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公开(公告)号：CN114783530B
公开(公告)日：2025-04-22
申请号：CN202210527598.4
申请日：2022-05-16
Applicant: 南京大学
Abstract: 本发明提出了一种蛋白质存储编码纠错方案，根据纳米孔道测序技术设置合适的数据存储格式，并将RS码应用于蛋白质存储系统中，根据需求选定编码所在的GF(2n)域以及校验信息的数据长度后，生成对应的地址信息、数据信息、校验信息后通过固相合成蛋白将信息存储在氨基酸序列之中。数据读取时，对蛋白质进行测序，并对RS码进行解码，当读取出的氨基酸发生错误时，在RS码的纠错能力范围内可以完成纠错，降低蛋白质存储系统的误码率。
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公开(公告)号：CN112481363B
公开(公告)日：2024-05-28
申请号：CN202011168144.X
申请日：2020-10-28
Applicant: 南京大学
IPC: C12Q1/6869 , G01N27/26
Abstract: 本发明涉及基因检测技术领域，具体涉及突变Aerolysin单体在检测RNA碱基序列及RNA修饰方面的应用。本发明人证实了使用突变Aerolysin纳米孔检测mRNA片段中的m6A修饰，可以从混合物中将甲基化与未甲基化的RNA链区分开。因此，本发明提供了一种方法表征靶标RNA以及RNA上的碱基修饰，其包括但不限于m6A，m1A,m7G,poly(A)尾，U尾,该方法包括：(a)利用CRISPR‑Cas13a和crRNA特异性识别包含碱基修饰的目标RNA序列，并利用RNA内切酶将长链RNA序列切割成短的包含修饰碱基的短RNA序列。修饰碱基在序列上的位置特定，如核苷酸长度为14，该RNA链从3’端数，第4/11/14个为修饰的碱基。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN112578106A
公开(公告)日：2021-03-30
申请号：CN202011169556.5
申请日：2020-10-28
Applicant: 南京大学
IPC: G01N33/487 , G01N33/68
Abstract: 本发明提供了一种纳米孔道单分子蛋白质测序仪，主要包括纳米孔道阵列化芯片系统、微电流检测系统以及数据处理与构建系统三部分；芯片主要包括氨基酸电性筛选芯片以及基于特异性纳米孔道的氨基酸序列读取芯片等，其设计原理是根据氨基酸的亲疏水性、极性、带电性等性质，设计系列具有氨基酸靶向识别的生物纳米孔道，逐一获得组成待测蛋白质的氨基酸的纳米孔道特征离子流信号；通过阵列化微电流测量系统，实现对每一个纳米孔道内蛋白质序列特征信息获取；进而，利用标准纳米孔道模型肽序列信息库进行氨基酸序列识别、校正、整合与读取，能够实现单个氨基酸的超高分辨，满足蛋白质测序的技术要求。
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公开(公告)号：CN114783530A
公开(公告)日：2022-07-22
申请号：CN202210527598.4
申请日：2022-05-16
Applicant: 南京大学
Abstract: 本发明提出了一种蛋白质存储编码纠错方案，根据纳米孔道测序技术设置合适的数据存储格式，并将RS码应用于蛋白质存储系统中，根据需求选定编码所在的GF(2n)域以及校验信息的数据长度后，生成对应的地址信息、数据信息、校验信息后通过固相合成蛋白将信息存储在氨基酸序列之中。数据读取时，对蛋白质进行测序，并对RS码进行解码，当读取出的氨基酸发生错误时，在RS码的纠错能力范围内可以完成纠错，降低蛋白质存储系统的误码率。
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公开(公告)号：CN112481363A
公开(公告)日：2021-03-12
申请号：CN202011168144.X
申请日：2020-10-28
Applicant: 南京大学
IPC: C12Q1/6869 , G01N27/26
Abstract: 本发明涉及基因检测技术领域，具体涉及突变Aerolysin单体在检测RNA碱基序列及RNA修饰方面的应用。本发明人证实了使用突变Aerolysin纳米孔检测mRNA片段中的m6A修饰，可以从混合物中将甲基化与未甲基化的RNA链区分开。因此，本发明提供了一种方法表征靶标RNA以及RNA上的碱基修饰，其包括但不限于m6A，m1A,m7G,poly(A)尾，U尾,该方法包括：(a)利用CRISPR‑Cas13a和crRNA特异性识别包含碱基修饰的目标RNA序列，并利用RNA内切酶将长链RNA序列切割成短的包含修饰碱基的短RNA序列。修饰碱基在序列上的位置特定，如核苷酸长度为14，该RNA链从3’端数，第4/11/14个为修饰的碱基。
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公开(公告)号：CN118197454A
公开(公告)日：2024-06-14
申请号：CN202311384953.8
申请日：2023-10-24
Applicant: 南京大学
IPC: G16C20/20 , G16C20/30 , G16C20/70 , G16C20/90 , G06F18/2131 , G06F18/211
Abstract: 本发明提供了一种基于纳米孔道的多肽混合物检测方法，包括以下步骤：(1)使用纳米孔道检测平台采集单分子多肽电流信号；(2)构建单分子多肽穿孔电流的时域、时频域的特征库；(3)对特征进行可分性、稳定性和综合评估；(4)通过优化特征组合以及机器学习模型，识别多肽混合物中的单分子及构成比例。本发明提供了纳米孔道时频域信号的指纹特征相比于时域特征，更具备稳定性；该方法针对非稳定性的电流信号发展了特征稳定性评估方法，由此选择出更具备泛化能力的特征子集；本发明提出的多肽混合物检测方法，通过实验结果验证了该方法具备多肽混合物定性、定量的潜力。
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公开(公告)号：CN112578106B
公开(公告)日：2022-04-22
申请号：CN202011169556.5
申请日：2020-10-28
Applicant: 南京大学
IPC: G01N33/487 , G01N33/68
Abstract: 本发明提供了一种纳米孔道单分子蛋白质测序仪，主要包括纳米孔道阵列化芯片系统、微电流检测系统以及数据处理与构建系统三部分；芯片主要包括氨基酸电性筛选芯片以及基于特异性纳米孔道的氨基酸序列读取芯片等，其设计原理是根据氨基酸的亲疏水性、极性、带电性等性质，设计系列具有氨基酸靶向识别的生物纳米孔道，逐一获得组成待测蛋白质的氨基酸的纳米孔道特征离子流信号；通过阵列化微电流测量系统，实现对每一个纳米孔道内蛋白质序列特征信息获取；进而，利用标准纳米孔道模型肽序列信息库进行氨基酸序列识别、校正、整合与读取，能够实现单个氨基酸的超高分辨，满足蛋白质测序的技术要求。
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