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公开(公告)号：CN103593659B
公开(公告)日：2016-09-14
申请号：CN201310611263.1
申请日：2013-11-26
Applicant: 华南农业大学 , 中国林业科学研究院热带林业研究所
Abstract: 本发明公开了一种针对二倍体PCR产物的Sanger测序中个体内SNP的识别方法，首先单独分离出色谱图中包含的腺瞟呤A、鸟瞟呤G、胞嘧啶C和胸腺嘧啶T四种碱基的荧光数据；采用小波多尺度分析方法对分离的荧光数据分别进行滤波去噪处理；再分析四种碱基荧光数据的波形特征，检测出波形的第一峰与第二峰，选择波峰距离、高度比值和起伏度比值这三个波形特征，作为SNP位点判别的要素；选择结构为3‑10‑1的BP神经网络作为SNP位点检测的分类器，并采用Levenberg Marquardt算法来对BP神经网络进行训练；采用分段线性变换将输出映射为0～100的SNP评价分数，根据评价分数将SNP位点的类别定义为1～5级，并据此判定该位点的SNP置信度。本发明能够有效检测测序文件的个体内SNP位点。
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公开(公告)号：CN103593659A
公开(公告)日：2014-02-19
申请号：CN201310611263.1
申请日：2013-11-26
Applicant: 华南农业大学 , 中国林业科学研究院热带林业研究所
Abstract: 本发明公开了一种针对二倍体PCR产物的Sanger测序中个体内SNP的识别方法，首先单独分离出色谱图中包含的腺瞟呤A、鸟瞟呤G、胞嘧啶C和胸腺嘧啶T四种碱基的荧光数据；采用小波多尺度分析方法对分离的荧光数据分别进行滤波去噪处理；再分析四种碱基荧光数据的波形特征，检测出波形的第一峰与第二峰，选择波峰距离、高度比值和起伏度比值这三个波形特征，作为SNP位点判别的要素；选择结构为3-10-1的BP神经网络作为SNP位点检测的分类器，并采用Levenberg Marquardt算法来对BP神经网络进行训练；采用分段线性变换将输出映射为0～100的SNP评价分数，根据评价分数将SNP位点的类别定义为1～5级，并据此判定该位点的SNP置信度。本发明能够有效检测测序文件的个体内SNP位点。
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公开(公告)号：CN101899520B
公开(公告)日：2013-01-02
申请号：CN201010239919.8
申请日：2010-07-28
Applicant: 中国林业科学研究院热带林业研究所
Abstract: 本发明提供了一种基于荧光dUTP的自动检测SSR分子标记的方法，包括以下步骤：(1)配制PCR反应体系：取1.0μL 10×buffer、dNTP 25～50μM、MgCl22.0mM、前向引物0.5μM、后向引物0.5μM、Taq酶1个单位、荧光dUTP10pmol和基因组DNA 5ng混合，加超纯水补至10μL；(2)进行降落PCR：94℃4min；20个循环：94℃30s、70～60℃或者66～56℃30s且每个循环降低0.5℃、72℃1min；再26个循环：94℃30s、60或者56℃30s、72℃1min；最后72℃10min，得PCR产物；(3)取PCR产物1.0μL加入9.34μL超纯甲酰胺、0.16μL分子量内标，95℃5min后放置冰上快速冷却，在测序仪上进行标记检测。
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公开(公告)号：CN101899520A
公开(公告)日：2010-12-01
申请号：CN201010239919.8
申请日：2010-07-28
Applicant: 中国林业科学研究院热带林业研究所
Abstract: 本发明提供了一种基于荧光dUTP的自动检测SSR分子标记的方法，包括以下步骤：(1)配制PCR反应体系：取1.0μL 10×buffer、dNTP 25～50μM、MgCl22.0mM、前向引物0.5μM、后向引物0.5μM、Taq酶1个单位、荧光dUTP10pmol和基因组DNA 5ng混合，加超纯水补至10μL；(2)进行降落PCR：94℃4min；20个循环：94℃30s、70～60℃或者66～56℃30s且每个循环降低0.5℃、72℃1min；再26个循环：94℃30s、60或者56℃30s、72℃1min；最后72℃10min，得PCR产物；(3)取PCR产物1.0μL加入9.34μL超纯甲酰胺、0.16μL分子量内标，95℃5min后放置冰上快速冷却，在测序仪上进行标记检测。
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