公开(公告)号：CN119049552A

公开(公告)日：2024-11-29

申请号：CN202411038582.2

申请日：2024-07-31

Applicant: 华南农业大学

Inventor： 赫圣博 ,  白政永 ,  赵亚辉 ,  储成才 ,  王钧涛 ,  胡斌

IPC: G16B30/00 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明公开了基于全表观组关联分析的植物表观元件挖掘方法及其在植物分子育种中的应用，其中方法通过关联DNA甲基化与数量性状，挖掘不同甲基化自然变异对表型的影响。该方法包括以下步骤：(1)采集种质资源群体材料的表型数据；(2)采集种质资源群体材料的基因组DNA，用于构建重亚硫酸盐文库并测序以获取群体DNA甲基组数据；(3)利用滑动窗口法将基因组分成固定长度的窗口，并根据甲基化水平对窗口分型；(4)使用混合线性模型对窗口的分型与表型数据进行关联分析，确定与表型显著相关的窗口。上述方法可以挖掘负责群体表型变异的表观遗传位点或元件，为植物分子育种提供表观等位基因资源。

公开(公告)号：CN119108020A

公开(公告)日：2024-12-10

申请号：CN202411078847.1

申请日：2024-08-07

Applicant: 华南农业大学

Inventor： 赫圣博 ,  赵亚辉 ,  白政永 ,  储成才 ,  王钧涛 ,  胡斌

IPC: G16B40/00 ,  G16B20/20 ,  G16B25/10

Abstract: 本发明公开了基于群体转录组挖掘核心热点基因的方法及其在植物分子育种中的应用，其中方法包括步骤S1：在不同氮条件下对水稻群体进行处理与采样，得到水稻样本。步骤S2：对水稻样本进行差异表达基因分析，得到群体氮响应基因。步骤S3：将群体氮响应基因的表达水平作为分子表型，与遗传变异进行关联分析，得到群体氮响应基因的表达数量性状位点。步骤S4：根据表达数量性状位点筛选出eGWAS热点区域。步骤S5：对群体氮响应基因进行eTWAS分析，得到eTWAS结果。步骤S6：从eTWAS结果中筛选出eTWAS热点基因。步骤S7：将eTWAS热点基因与eGWAS热点区域内的基因取交集，得到核心热点基因。通过eGWAS‑eTWAS联合分析，可以高效且准确地挖掘调控重要生物学途径的核心热点基因。