公开(公告)号：CN118957112A

公开(公告)日：2024-11-15

申请号：CN202411143529.9

申请日：2024-08-20

Applicant: 华南农业大学

Inventor： 沈兴 ,  谢宇 ,  雷红涛 ,  徐振林 ,  刘艳 ,  朱宇赫

IPC: C12Q1/689 ,  C12Q1/6844 ,  C12N15/11 ,  C12R1/38

Abstract: 本发明公开了一种基于RPA‑CRISPR的唐菖蒲伯克霍尔德氏菌(椰毒假单胞菌酵米面亚种)特异性毒力基因靶标、引物和检测体系及方法。本发明所述靶标序列、RPA引物和crRNA具有良好的特异性，所构建的检测方法对其它亚种无特异性识别反应，检测结果准确可靠。此外，本发明所述检测方法结合煮沸法或试剂盒提取样品DNA，在不进行菌体富集的前提下，对唐菖蒲伯克霍尔德氏菌(椰毒假单胞菌酵米面亚种)基因组DNA的检测灵敏度为10‑4 ng/μL，菌液灵敏度为1.52 CFU/mL。对于椰汁、大米粉和糯米粉进行添标检测，样本检出限均达到100 CFU/mL，样本前处理简单，操作便捷，灵敏度高，可靠性高，适用于相关监管部门对唐菖蒲伯克霍尔德氏菌(椰毒假单胞菌酵米面亚种)的现场快速检测。

公开(公告)号：CN112331263B

公开(公告)日：2021-07-23

申请号：CN202011135436.3

申请日：2020-10-22

Applicant: 华南农业大学

Inventor： 林元震 ,  张卫华 ,  张紫阳 ,  刘艳 ,  魏瑞研

IPC: G16B20/00

Abstract: 本发明公开了一种基于个体遗传竞争与环境空间分析的林木基因组选择方法及其应用。该方法步骤如下：收集试验林所有个体的行列号，形成空间定位数据；测定试验林所有个体的表型形状，形成表型数据；采用全基因组重测序对试验林所有个体和待检测的个体进行SNP基因分型，将基因分型数据记录为0、1、2的SNP标记矩阵，根据SNP标记矩阵构建全部个体的基因组关系矩阵G；构建模型和数据分析。本发明的方法不仅能捕获林木个体间的遗传竞争关系，还能捕获种植环境的空间变异特性，充分考虑遗传材料和种植环境的背景差异，显著提高林木基因组选择的准确性；无树种、试验林和测试性状类型的具体限制，应用前景广泛。

公开(公告)号：CN112331263A

公开(公告)日：2021-02-05

申请号：CN202011135436.3

申请日：2020-10-22

Applicant: 华南农业大学

Inventor： 林元震 ,  张卫华 ,  张紫阳 ,  刘艳 ,  魏瑞研

IPC: G16B20/00

Abstract: 本发明公开了一种基于个体遗传竞争与环境空间分析的林木基因组选择方法及其应用。该方法步骤如下：收集试验林所有个体的行列号，形成空间定位数据；测定试验林所有个体的表型形状，形成表型数据；采用全基因组重测序对试验林所有个体和待检测的个体进行SNP基因分型，将基因分型数据记录为0、1、2的SNP标记矩阵，根据SNP标记矩阵构建全部个体的基因组关系矩阵G；构建模型和数据分析。本发明的方法不仅能捕获林木个体间的遗传竞争关系，还能捕获种植环境的空间变异特性，充分考虑遗传材料和种植环境的背景差异，显著提高林木基因组选择的准确性；无树种、试验林和测试性状类型的具体限制，应用前景广泛。