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公开(公告)号：CN111899891A
公开(公告)日：2020-11-06
申请号：CN202010319541.6
申请日：2020-04-21
Applicant: 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
Abstract: 一种人类肠道病毒网络的构建与分析方法，所述方法包括步骤；获取纵向序列上的人类肠道微生物组的全基因组测序数据；对所述全基因组测序数据进行剪切；对剪切后的所述全基因组测序数据进行过滤；对过滤后的所述全基因组测序数据进行拼接；鉴定物种；计算物种间相关性；构建人类肠道病毒网络；分析所述人类肠道病毒网络。本发明提供的一种人类肠道病毒网络的构建与分析方法具有如下优点：(1)高灵敏度和高选择性；(2)检测通量高；(3)可以利用生物信息学方法在理论上通过肠道病毒物种的动态变化监测、评估人类的健康状况。
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公开(公告)号：CN109215736B
公开(公告)日：2021-10-08
申请号：CN201811130676.7
申请日：2018-09-27
Applicant: 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
Abstract: 本发明公开了一种肠道病毒组的高通量检测方法，其中，所述方法以Kraken自带的病毒库(衍生于Refseq的病毒库)为基础，建立现有样本数据库的肠道病毒组分注释平台和肠道病毒组分分析平台，肠道组分分析平台分析肠道组分注释平台获得的数据，并以构建预测模型和肠道病毒数据集，再将高通量测序待测样本的肠道病毒组与预测模型比对，比对结果用于判断宿主的血压与设定阈值对比，对比后概率值最高的一组数据为待测样本的对比结果。本发明以人类肠道微生物群落里的病毒组作为研究对象，基于微生物组和生物信息学思路，提供一种利用肠道病毒组样本预测高血压的方法，具有周期短、无创取样、通用性高、附加值高等特点。
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公开(公告)号：CN110136778A
公开(公告)日：2019-08-16
申请号：CN201910342119.X
申请日：2019-04-26
Applicant: 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
IPC: G16B40/00
Abstract: 本发明提供了一种微生物群中物种的关联性挖掘方法，其中所述方法包括：首先，对微生物群落DNA进行高通量测序，计算测序数据得出物种组成和丰度分布；然后，通过Loose Definition方法扩大物种间相关关系候选范围；最后，挖掘间接关系、线性关系和非线性关系。相较于现有技术，本发明能够更好的还原微生物网络，以便于从系统层面研究微生物共出现网络，为发现关键物种间未知的相关关系做铺垫。
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公开(公告)号：CN111681704B
公开(公告)日：2022-06-17
申请号：CN202010319607.1
申请日：2020-04-21
Applicant: 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
Abstract: 一种基于matk基因的未知植物物种识别数据库的构建方法及数据库，所述方法包括步骤：获取含有matk基因的原始序列数据文件；提取所述原始序列数据文件中的物种注释信息；将所述物种注释信息整合至所述matK基因上，以得到matK序列；对所述matk序列进行质量控制；根据所述matk序列之间的相似性进行聚类；根据聚类结果构建所述数据库。本申请提供的一种基于matk基因的未知植物物种识别数据库的构建方法及数据库优点为：(1)检测通量高；(2)高灵敏度和选择性；(3)该方法所构建的数据库覆盖面广、数据质量高、信息全面；(4)可以利用生物信息学方法在物种的水平上确定未知物种。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN110111846A
公开(公告)日：2019-08-09
申请号：CN201910334811.8
申请日：2019-04-24
Applicant: 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
IPC: G16B30/10 , G16B40/00 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明实施例提供了一种确定环境因素与菌群结构和功能相关性的方法及设备。其中，所述方法包括：采用第二代高通量测序，获取菌群样本中所有菌种的标记基因序列，对所述标记基因序列进行分析，得到所述菌种的可操作分类单元，并采用R语言对所述可操作分类单元进行可视化；根据所述菌种的可操作分类单元，对所述菌群样本进行差异性分析，得到所述菌群样本的菌群结构，结合半封闭环境特征参数，确定所述菌群结构和菌群功能，与环境因素的相关性。本发明实施例提供的确定环境因素与菌群结构和功能相关性的方法及设备，可以较为精确的确定环境因素与菌群结构和功能的相关性。
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公开(公告)号：CN109215736A
公开(公告)日：2019-01-15
申请号：CN201811130676.7
申请日：2018-09-27
Applicant: 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
Abstract: 本发明公开了一种肠道病毒组的高通量检测方法，其中，所述方法以Kraken自带的病毒库(衍生于Refseq的病毒库)为基础，建立现有样本数据库的肠道病毒组分注释平台和肠道病毒组分分析平台，肠道组分分析平台分析肠道组分注释平台获得的数据，并以构建预测模型和肠道病毒数据集，再将高通量测序待测样本的肠道病毒组与预测模型比对，比对结果用于判断宿主的血压与设定阈值对比，对比后概率值最高的一组数据为待测样本的对比结果。本发明以人类肠道微生物群落里的病毒组作为研究对象，基于微生物组和生物信息学思路，提供一种利用肠道病毒组样本预测高血压的方法，具有周期短、无创取样、通用性高、附加值高等特点。
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公开(公告)号：CN110111846B
公开(公告)日：2023-03-14
申请号：CN201910334811.8
申请日：2019-04-24
Applicant: 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
IPC: G16B30/10 , G16B40/00 , C12Q1/6869
Abstract: 本发明实施例提供了一种确定环境因素与菌群结构和功能相关性的方法及设备。其中，所述方法包括：采用第二代高通量测序，获取菌群样本中所有菌种的标记基因序列，对所述标记基因序列进行分析，得到所述菌种的可操作分类单元，并采用R语言对所述可操作分类单元进行可视化；根据所述菌种的可操作分类单元，对所述菌群样本进行差异性分析，得到所述菌群样本的菌群结构，结合半封闭环境特征参数，确定所述菌群结构和菌群功能，与环境因素的相关性。本发明实施例提供的确定环境因素与菌群结构和功能相关性的方法及设备，可以较为精确的确定环境因素与菌群结构和功能的相关性。
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公开(公告)号：CN111681704A
公开(公告)日：2020-09-18
申请号：CN202010319607.1
申请日：2020-04-21
Applicant: 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
Abstract: 一种基于matk基因的未知植物物种识别数据库的构建方法及数据库，所述方法包括步骤：获取含有matk基因的原始序列数据文件；提取所述原始序列数据文件中的物种注释信息；将所述物种注释信息整合至所述matK基因上，以得到matK序列；对所述matk序列进行质量控制；根据所述matk序列之间的相似性进行聚类；根据聚类结果构建所述数据库。本申请提供的一种基于matk基因的未知植物物种识别数据库的构建方法及数据库优点为：(1)检测通量高；(2)高灵敏度和选择性；(3)该方法所构建的数据库覆盖面广、数据质量高、信息全面；(4)可以利用生物信息学方法在物种的水平上确定未知物种。
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公开(公告)号：CN109559780A
公开(公告)日：2019-04-02
申请号：CN201811130687.5
申请日：2018-09-27
Applicant: 华中科技大学鄂州工业技术研究院 , 华中科技大学
Abstract: 本发明公开了一种高通量测序的RNA数据处理方法，所述数据处理方法以高通量测序的RNA读段建立数据库，去除读段中的接头引物和低质量碱基，多重序列对比识别内源污染序列和外源污染序列并清除，获得处理后的RNA数据。本发明不仅达到数据高质量化的目标，同时将更多的重点放在污染识别和去除的方法上，比较有针对性地且使用DNA条形码的方式来识别污染，而且在处理后能够保留大部分数据信息，缩小与真实情况的差距，经过组装并利用生物DNA条形码(barcode gene)建立隐马尔科夫模型(HMM)的方法，搜索识别污染来源，比对去除污染序列，使得处理过后的高质量数据达到研究所需的要求。
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