海洋噬箘体Syn5的RNA聚合酶终止序列及其鉴定方法与应用

    公开(公告)号:CN109385410A

    公开(公告)日:2019-02-26

    申请号:CN201811067462.X

    申请日:2018-09-13

    Abstract: 本发明公开了海洋噬箘体Syn5的RNA聚合酶终止序列及其鉴定方法与应用,属于微生物核酸代谢酶技术领域。所述终止序列含有至少一个ATCTGT序列单元。鉴定方法为将外源基因插入载体的多克隆位点处,并将所述载体中的启动子序列替换为Syn5启动子序列,获得重组载体;将该重组载体进行体外转录,回收全长转录的RNA以外的RNA产物并进行3’RACE测序,对应的终止序列均含有至少一个ATCTGT序列单元,即得到噬菌体Syn5RNA聚合酶转录终止序列含有至少一个ATCTGT序列单元。所述转录终止序列可应用于RNA合成生物学。本发明鉴定了海洋噬菌体Syn5的单亚基RNA聚合酶转录终止子,弥补了当前对Syn5RNA聚合酶转录特性研究的不足,鉴定了一个当前最简化造成聚合酶体外转录终止的序列单元。

    一种m6A依赖型限制性内切酶、其突变体及其应用

    公开(公告)号:CN116083544B

    公开(公告)日:2024-11-08

    申请号:CN202210795103.6

    申请日:2022-07-07

    Abstract: 本发明公开了一种m6A依赖型限制性内切酶、其突变体及其应用,属于微生物核酸内切酶技术领域。本发明提供了一种野生型m6A依赖型限制性内切酶HHPV4I的应用方法,会提供了其两个突变体ΔSRA和K197A。这三种限制性内切酶都能特异性地识别并且切割含有m6A修饰的DNA,且野生型HHPV4I和突变体ΔSRA可以特异性识别Gm6ATC修饰位点,并在修饰位点两侧的位置切割DNA。利用其特殊的限制性内切功能,能够应用于基因工程、基因分析、基因编辑、基因检测、表观遗传学研究等技术领域。

    一种三磷酸核苷水解酶及其纯化方法和应用

    公开(公告)号:CN114645033B

    公开(公告)日:2024-02-13

    申请号:CN202210289860.6

    申请日:2022-03-23

    Inventor: 朱斌 成锐

    Abstract: 本发明提供了一种三磷酸核苷水解酶及其纯化方法和应用,属于分子生物学技术领域。所述三磷酸核苷水解酶为GajB蛋白或GajB'蛋白,在金属离子和DNA同时存在的条件下,使用所述三磷酸核苷水解酶水解三磷酸核苷;所述GajB蛋白的氨基酸序列如SEQ ID No.1所示,所述GajB'蛋白的氨基酸序列如SEQ ID No.2所示;所述金属离子为镁离子、锰离子、钙离子。本发明通过在GajB蛋白或GajB'蛋白的氨基端接入识别标签,并选择合适的纯化方法提高了三磷酸核苷水解酶的纯度。该三磷酸核苷水解酶可应用于DNA检测、DNA加工、基因编辑、基因工程等领域。

    一种获得线性质粒DNA断裂位置序列信息的方法

    公开(公告)号:CN113667727A

    公开(公告)日:2021-11-19

    申请号:CN202010402432.0

    申请日:2020-05-13

    Inventor: 朱斌 成锐

    Abstract: 本发明公开了一种获得线性质粒DNA断裂位置序列信息的方法,涉及分子生物学技术领域,包括以下步骤:S1.对已知序列的DNA片段进行磷酸化处理;S2.对待检测的线性质粒进行末端平齐化和磷酸化处理;S3.将DNA片段和线性质粒进行平端连接并转化到宿主菌中;S4.筛选阳性重组子,利用测序引物分别向连接位点方向进行测序,根据已知序列与紧邻的质粒序列得出线性质粒的断裂位置与断裂方式;所述测序引物为连接产物上的任一段序列,且所述测序引物与所述连接位点间的距离为50~1000bp。本发明根据衔接位置的序列信息,可以准确得出线性质粒的断裂位置以及断裂位置附近的DNA序列信息,用于未知核酸酶的识别位点测定,具有操作简单快速、结果准确、成本低、耗时短等优点。

    一种快速定量检测RNA加帽效率的方法

    公开(公告)号:CN112626177A

    公开(公告)日:2021-04-09

    申请号:CN201910951836.2

    申请日:2019-10-09

    Abstract: 本发明公开了一种快速定量检测RNA加帽效率的方法,由以下步骤组成:S1.体外转录合成未加帽的RNA并除去模板DNA;S2.对RNA进行加帽处理;S3.对经S1、S2步骤得到的RNA进行单磷酸化处理:先利用碱性磷酸酶去磷酸化,RNA纯化后再利用多聚核苷酸激酶在RNA的5’端加上单磷酸;S4.用单磷酸酶除去进行单磷酸化处理后的RNA,并设置不用单磷酸酶处理的对照组;S5.跑胶检测,定量测定用单磷酸酶处理的RNA的条带亮度(记为n)以及对照组的RNA的条带亮度(记为N),计算RNA的加帽效率为:(n/N)×100%。本发明的有益效果是:(1)可快速定量地检测出RNA的加帽效率,操作简单快速,结果有效准确;(2)该方法对样品需求量少,对RNA类型、长度等无特殊要求,适用范围广。

    一种获得线性质粒DNA断裂位置序列信息的方法

    公开(公告)号:CN113667727B

    公开(公告)日:2023-05-16

    申请号:CN202010402432.0

    申请日:2020-05-13

    Inventor: 朱斌 成锐

    Abstract: 本发明公开了一种获得线性质粒DNA断裂位置序列信息的方法,涉及分子生物学技术领域,包括以下步骤:S1.对已知序列的DNA片段进行磷酸化处理;S2.对待检测的线性质粒进行末端平齐化和磷酸化处理;S3.将DNA片段和线性质粒进行平端连接并转化到宿主菌中;S4.筛选阳性重组子,利用测序引物分别向连接位点方向进行测序,根据已知序列与紧邻的质粒序列得出线性质粒的断裂位置与断裂方式;所述测序引物为连接产物上的任一段序列,且所述测序引物与所述连接位点间的距离为50~1000bp。本发明根据衔接位置的序列信息,可以准确得出线性质粒的断裂位置以及断裂位置附近的DNA序列信息,用于未知核酸酶的识别位点测定,具有操作简单快速、结果准确、成本低、耗时短等优点。

    一种三磷酸核苷水解酶及其纯化方法和应用

    公开(公告)号:CN114645033A

    公开(公告)日:2022-06-21

    申请号:CN202210289860.6

    申请日:2022-03-23

    Inventor: 朱斌 成锐

    Abstract: 本发明提供了一种三磷酸核苷水解酶及其纯化方法和应用,属于分子生物学技术领域。所述三磷酸核苷水解酶为GajB蛋白或GajB'蛋白,在金属离子和DNA同时存在的条件下,使用所述三磷酸核苷水解酶水解三磷酸核苷;所述GajB蛋白的氨基酸序列如SEQ ID No.1所示,所述GajB'蛋白的氨基酸序列如SEQ ID No.2所示;所述金属离子为镁离子、锰离子、钙离子。本发明通过在GajB蛋白或GajB'蛋白的氨基端接入识别标签,并选择合适的纯化方法提高了三磷酸核苷水解酶的纯度。该三磷酸核苷水解酶可应用于DNA检测、DNA加工、基因编辑、基因工程等领域。

    Short pAgo蛋白和APAZ蛋白的异源二聚体复合物及其向导RNA、表达载体和应用

    公开(公告)号:CN118994412A

    公开(公告)日:2024-11-22

    申请号:CN202310562815.8

    申请日:2023-05-18

    Abstract: 本发明公开了Short pAgo蛋白和nuclease‑APAZ蛋白的异源二聚体复合物及其向导RNA、表达载体和应用,涉及生物检测技术领域。其中的Short pAgo蛋白含有MID和PIWI结构域;nuclease‑APAZ蛋白含有nuclease和APAZ结构域;Short pAgo蛋白与nuclease‑APAZ蛋白相互作用形成异源二聚体复合物,该复合物可以与向导RNA结合,在其引导下特异性识别靶标DNA,并激活其非特异性核酸内切酶活性,从而运用于核酸检测领域中。本发明还提供了包含该异源二聚体复合物的核酸检测反应体系,其检测灵敏度和基于CRISPR技术的核酸检测方法的灵敏度相当,并且可与其它核酸恒温扩增方法联用,以增强核酸检测的灵敏度以及特异性。

    适合体外合成RNA的T7-RNA聚合酶突变体及其应用

    公开(公告)号:CN115975974B

    公开(公告)日:2024-08-06

    申请号:CN202210789839.2

    申请日:2022-07-06

    Abstract: 本发明公开了一种适合体外合成RNA的T7‑RNA聚合酶突变体及其应用,涉及核酸工具酶与核酸生物领域。本发明提供的T7‑RNA聚合酶突变体是将野生型T7RNA聚合酶从N端开始第173位氨基酸(精氨酸)用丙氨酸或组氨酸替代后得到的,即R173A和R173H。上述T7RNA聚合酶突变体适用于序列内部含Ⅱ类转录终止信号(核心序列为5’‑AUCUGUU‑3’)的RNA的合成,其在体外转录、RNA合成、RNA药物合成、RNA疫苗制造、基因编辑、体内蛋白质表达或无细胞蛋白表达体外翻译系统、转录终止子研究、生物学转录调控元件合成等方面均具有强大的应用潜力。

    一种m6A依赖型限制性内切酶、其突变体及其应用

    公开(公告)号:CN116083544A

    公开(公告)日:2023-05-09

    申请号:CN202210795103.6

    申请日:2022-07-07

    Abstract: 本发明公开了一种m6A依赖型限制性内切酶、其突变体及其应用,属于微生物核酸内切酶技术领域。本发明提供了一种野生型m6A依赖型限制性内切酶HHPV4I的应用方法,会提供了其两个突变体ΔSRA和K197A。这三种限制性内切酶都能特异性地识别并且切割含有m6A修饰的DNA,且野生型HHPV4I和突变体ΔSRA可以特异性识别Gm6ATC修饰位点,并在修饰位点两侧的位置切割DNA。利用其特殊的限制性内切功能,能够应用于基因工程、基因分析、基因编辑、基因检测、表观遗传学研究等技术领域。

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