公开(公告)号：CN119722556A

公开(公告)日：2025-03-28

申请号：CN202311260531.X

申请日：2023-09-27

Applicant: 北京昌平实验室

Inventor： 王晓群 ,  吴倩 ,  洪贝

IPC: G06T7/00 ,  G06T7/10 ,  G06N3/0464 ,  G06N3/09 ,  G06T7/11

Abstract: 本发明涉及基于多轮荧光原位杂交图像的细胞结构分割方法及系统。本发明提供一种自动分割荧光图像中细胞结构的方法，其包括：获取待分析荧光图像作为待处理图像数据；对上述待处理图像选取训练数据，通过图像标注软件制作细胞真值标签数据集，并对待处理图像进行预处理；基于标注好的数据集训练基于多任务学习的卷积神经网络，输出像素间的最近邻亲和图像及像素属于边界的概率图像；在网络输出结果基础上，采用距离变换分水岭算法与图划分算法，生成细胞实例分割结果；自动识别分割结果中的分割错误区域，人为选择性修正分割结果，并通过边缘提取获得修正后细胞的边界结果。

公开(公告)号：CN119724347A

公开(公告)日：2025-03-28

申请号：CN202311260431.7

申请日：2023-09-27

Applicant: 北京昌平实验室

Inventor： 王晓群 ,  吴倩

IPC: G16B25/20 ,  G16B30/10 ,  G16B30/20 ,  G16B40/00

Abstract: 本发明涉及基于多轮成像编码的高通量单细胞空间转录组的探针设计。本发明提供同时适用于两种以上物种组织的用于高通量单细胞空间转录组的读出探针的设计方法，其包括：生成序列长度为n的候选DNA序列库，滤除可以比对到目标物种的基因组的序列，滤除包含超过1次在基因组上出现的短序列的候选DNA探针，通过本地BLAST，滤除可比对到目标物种的转录组的候选DNA探针，对于所有的目标物种重复步骤S20‑S40，通过本地BLAST，进行探针内部互相结合筛查，通过两序列比对，进行探针二级结构检查以及探针内部相互结合检查，对探针进行在线BLAST检查，得到最终的DNA探针序列。

公开(公告)号：CN119709956A

公开(公告)日：2025-03-28

申请号：CN202311260542.8

申请日：2023-09-27

Applicant: 北京昌平实验室

Inventor： 王晓群 ,  吴倩 ,  黄露苇

IPC: C12Q1/6841 ,  C12N15/11 ,  C12M1/36 ,  C12M1/34 ,  C12M1/00

Abstract: 本发明涉及基于多轮成像编码的单细胞空间转录组方法，其包括以下步骤：针对目的组织样本的物种设计用于基因编码的读出探针；针对目的基因集和读出探针组的反向互补序列设计用于靶向目的基因RNA序列的靶向探针寡核苷酸池；利用靶向探针寡核苷酸池构建出用于杂交的靶向探针库；处理组织切片并杂交靶向探针，制备成像样品；采集多轮读出探针的序列成像，捕获RNA原始信号并染色图像获取细胞在组织中的原始位置信息；将多轮成像信号的编码与细胞形态图像结合，解析为单个细胞的RNA空间表达矩阵。

公开(公告)号：CN119722554A

公开(公告)日：2025-03-28

申请号：CN202311260210.X

申请日：2023-09-27

Applicant: 北京昌平实验室

Inventor： 王晓群 ,  吴倩 ,  董豪

IPC: G06T7/00 ,  G06T7/10 ,  G06T5/80 ,  G06T5/70 ,  G06T5/10

Abstract: 本发明涉及基于多轮成像编码的高通量单细胞空间转录组分析方法。本发明提供基于多轮成像编码的高通量单细胞空间转录组分析方法，包括：通过根据显微镜光学系统设计的低通滤波器对待处理图像预处理，根据预处理图像中的染色图像，通过配准算法获得多轮成像图像的位移矫正仿射矩阵，对待处理图像的每轮以及每个通道图像进行匀场矫正，背景噪声去除，图像增强，强化图像中信号点，获得增强的待处理图像，通过高斯拉普拉斯算子与形态学操作获得局部极值，极值数值高于预设阈值时被选为信号点坐标，获取细胞分割的结果，并将信号点分配到确定的单个细胞，通过解码算法和编码表，将所获得的信号点坐标转化为最终的单细胞空间转录组表达量矩阵。