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公开(公告)号：CN114703178A
公开(公告)日：2022-07-05
申请号：CN202210476454.0
申请日：2022-04-29
Applicant: 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心 , 北京安普生化科技有限公司
Abstract: 本发明属于生物技术领域，提供了一种检测HIV‑1整合酶基因突变的引物组，包括第一组引物组合和第二组引物组合；第一组引物组合和第二组引物组合均包括第一轮扩增引物、第二轮扩增引物和测序引物。本发明还提供了上述检测HIV‑1整合酶基因突变的引物组在检测HIV‑1整合酶基因突变中的应用。本发明提供的检测HIV‑1整合酶基因突变的引物组可用于检测病毒载量大于1000拷贝/mL的样本，同时还涵盖了斯坦福耐药数据库中整合酶相关耐药位点，检测到整合酶基因突变的准确性高、扩增灵敏度好、精确性高、可重复性高，并且成本较低，非常适合推广使用，对于艾滋病的防治具有重要的意义。
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公开(公告)号：CN115772582A
公开(公告)日：2023-03-10
申请号：CN202210936127.9
申请日：2022-08-05
Applicant: 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心 , 北京安普生化科技有限公司
IPC: C12Q1/70 , C12Q1/6806 , C12N15/11 , C12R1/93
Abstract: 本发明属于生物技术领域，提供了一种HIV‑1蛋白酶和逆转录酶区、整合酶区基因型的检测方法，包括：提取样品RNA，并以提取的RNA为模板逆转录成cDNA；以cDNA为模板，进行PCR扩增，分别获得HIV‑1病毒的蛋白酶和逆转录酶区的DNA片段、整合酶区的DNA片段；构建基因文库；对构建的基因文库，采用二代测序技术进行测序，获取HIV‑1蛋白酶和逆转录酶区、整合酶区的DNA序列组成，然后以HIV‑1参考株HXB2为参考序列，从而获得HIV‑1蛋白酶和逆转录酶区、整合酶区的基因型。本发明提供的方法操作步骤简单、成本低、效率高，非常适合二代测序、尤其是使用MiSeq高通量测序仪进行二代测序的要求。
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公开(公告)号：CN118866125B
公开(公告)日：2025-04-29
申请号：CN202410930511.7
申请日：2024-07-11
Applicant: 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心 , 中国科学院微生物研究所
IPC: G16B40/20 , G16B5/20 , G06F18/25 , G06F18/213 , G06F18/2415 , G06N3/0464 , G06N3/045 , G06N3/084
Abstract: 本发明公开了一种HIV基因型耐药预测的方法、系统、设备及介质，所述方法包括利用B亚型数据集对应的0‑1矩阵训练第一基础预测模型，再利用非B亚型数据集对应的0‑1矩阵调整；计算B亚型数据集和非B亚型数据集中氨基酸序列的PSSM矩阵，利用B亚型数据集对应的PSSM矩阵训练第二基础预测模型，再利用非B亚型数据集对应的PSSM矩阵调整；训练HIV基因型耐药预测模型，所述模型包括融合模块，所述融合模块用于融合第一基础预测模型的中间特征和第二基础预测模型的中间特征。本发明使用了非B亚型数据对模型进行调整，还将两个基础预测模型的中间特征融合，提高了对B亚型和非B亚型基因序列耐药预测的准确性。
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公开(公告)号：CN118866125A
公开(公告)日：2024-10-29
申请号：CN202410930511.7
申请日：2024-07-11
Applicant: 中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心 , 中国科学院微生物研究所
IPC: G16B40/20 , G16B5/20 , G06F18/25 , G06F18/213 , G06F18/2415 , G06N3/0464 , G06N3/045 , G06N3/084
Abstract: 本发明公开了一种HIV基因型耐药预测的方法、系统、设备及介质，所述方法包括利用B亚型数据集对应的0‑1矩阵训练第一基础预测模型，再利用非B亚型数据集对应的0‑1矩阵调整；计算B亚型数据集和非B亚型数据集中氨基酸序列的PSSM矩阵，利用B亚型数据集对应的PSSM矩阵训练第二基础预测模型，再利用非B亚型数据集对应的PSSM矩阵调整；训练HIV基因型耐药预测模型，所述模型包括融合模块，所述融合模块用于融合第一基础预测模型的中间特征和第二基础预测模型的中间特征。本发明使用了非B亚型数据对模型进行调整，还将两个基础预测模型的中间特征融合，提高了对B亚型和非B亚型基因序列耐药预测的准确性。
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