公开(公告)号：CN1584027A

公开(公告)日：2005-02-23

申请号：CN200410025035.7

申请日：2004-06-10

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 王猛 ,  黄振德 ,  杨杰 ,  刘国平 ,  徐志节 ,  姚莉秀

IPC: C12N15/10

Abstract: 一种RNA全序列特征可视化提取方法，主要包括数据预处理、规则选取、元胞自动机CA方法应用及序列图像生成，首先对得到的RNA序列中每个脱氧核糖核酸“A”“T” “G”“U”进行编码，引入一维元胞自动机模型，选用特定的元胞自动机规则对编码后的“0”“1”基因序列进行演化，即元胞的下一时刻的状态由元胞和它的左右两个相邻元胞当前时刻的状态按照演化规则来决定，经若干次演化后形成一个“0”“1”二维矩阵，将二维矩阵转化为黑白图像并进行缩放，得到具有RNA全序列特征可视化图形。本发明方法具有全序列分析，直观性，敏感性和普适性的特点，从生成的可视化序列图像中可得到不同基因序列具有的特征。

公开(公告)号：CN1257974C

公开(公告)日：2006-05-31

申请号：CN200410025035.7

申请日：2004-06-10

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 王猛 ,  黄振德 ,  杨杰 ,  刘国平 ,  徐志节 ,  姚莉秀

IPC: C12N15/10

Abstract: 一种RNA全序列特征可视化提取方法，主要包括数据预处理、规则选取、元胞自动机CA方法应用及序列图像生成，首先对得到的RNA序列中每个脱氧核糖核酸“A”“T”“G”“U”进行编码，引入一维元胞自动机模型，选用特定的元胞自动机规则对编码后的“0”“1”基因序列进行演化，即元胞的下一时刻的状态由元胞和它的左右两个相邻元胞当前时刻的状态按照演化规则来决定，经若干次演化后形成一个“0”“1”二维矩阵，将二维矩阵转化为黑白图像并进行缩放，得到具有RNA全序列特征可视化图形。本发明方法具有全序列分析，直观性，敏感性和普适性的特点，从生成的可视化序列图像中可得到不同基因序列具有的特征。