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公开(公告)号：CN110438229A
公开(公告)日：2019-11-12
申请号：CN201910707728.0
申请日：2019-08-01
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6886 , C12N1/11
Abstract: 本发明公开了一种胃癌预后诊断生物标志物及其检测试剂盒，所述生物标志物为肿瘤微环境相关因子RGS1。本发明通过预后标记物及检测标记物RGS1的应用，可以迅速、准确、方便地预测胃癌预后，从分子水平实现胃癌危险高低的分级分层，显著地将不同预后程度的患者分类治疗，从而指导个体化精准治疗，同时节约了医疗成本，具有较高的临床应用价值。
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公开(公告)号：CN111424086A
公开(公告)日：2020-07-17
申请号：CN202010197122.X
申请日：2020-03-19
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6886 , G01N33/574 , C12N15/11
Abstract: 本发明涉及一种用于胃癌诊治及预后评估的生物标记物及应用和检测试剂盒，采用肿瘤浸润免疫细胞因子IL23A作为胃癌诊治及预后评估生物标记物，通过检测所述肿瘤浸润免疫细胞因子IL23A的相对表达水平来评估患者预后情况。与现有技术相比，本发明细胞因子参与肿瘤免疫细胞浸润的多种免疫反应，能够从分子水平实现胃癌危险度的分级分期发展阶段，迅速、准确地检测和评估胃癌预后，有效提高胃癌预后检测及评估的敏感性和特异性。
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公开(公告)号：CN115651973A
公开(公告)日：2023-01-31
申请号：CN202211093343.8
申请日：2022-09-08
Applicant: 苏州京脉生物科技有限公司 , 上海交通大学
IPC: C12Q1/6869 , G16B40/00 , G16B30/00
Abstract: 本申请提供一种可传代细胞的高保真甲基化位点的分离与分析方法，包括步骤：(A)将可传代细胞进行传代培养多代后，取不同代数的细胞进行基因组DNA提取，作为实验样本；(B)将spike‑in加入实验样本中，进行重亚硫酸盐转化，构建简并代表性重亚硫酸盐测序文库，并进行测序；所述spike‑in为甲基化和未甲基化的lambda DNA；(C)对于测序数据，根据spike‑in计算转化效率和错误转化率最终对甲基化水平的评估产生偏差，并且对每个位点的DNA甲基化水平采用二项分布近似贝叶斯模型进行定量检测，通过比较不同代别的甲基化水平得到高保真甲基化位点。
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Patent Agency Ranking
公开(公告)号：CN109825559A
公开(公告)日：2019-05-31
申请号：CN201910180935.5
申请日：2019-03-11
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6858
Abstract: 本发明公开了一种血浆cfDNA全局性甲基化检测方法及应用，涉及生物检测技术领域，其中，所述血浆cfDNA全局性甲基化检测方法为在从血浆中提取出的少量cfDNA中补加甲基化且含有生物素标记的外源DNA(λDNA)，然后进行富集甲基化实验，将收集的产物通过PCR扩增后，再基于生物素-链霉亲和素反应、采用链霉亲和素磁珠去除带有生物素标记的λDNA，得到cfDNA扩增文库，并进行高通量测序。本发明适用于少量的血浆cfDNA甲基化分析，无需特定地商品化试剂盒，操作简便高效，减少了样品的损失、提高了建库效率、且极大地提高了MeDIP等富集甲基化实验方法地检测灵敏性，具有较广泛的适用性。
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公开(公告)号：CN110144345B
公开(公告)日：2022-07-15
申请号：CN201910390311.6
申请日：2019-05-10
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12N15/10
Abstract: 本发明公开了一种从卵泡液中提取cfDNA的方法，通过对卵泡液样本两步离心去除多余细胞碎片；利用裂解液对卵泡液进行裂解，加入的蛋白酶K消化多余的蛋白，同时加入的Carrier RNA使DNA更易析出沉降；利用羧基磁珠对DNA的吸附作用；在高盐低pH的条件下，将卵泡液中的cfDNA吸附到磁珠上，经过盐洗涤和醇洗涤后，去除100bp以下的片段，洗脱后再次加入0.5倍体积的羧基磁珠，吸附并去除大于300bp的长片段，获得合适长度范围的cfDNA。同时对所获的cfDNA进行末端修复，产生平末端连接，并在3’末端添加碱基A，并在cfDNA两端添加接头并扩增纯化等，完成高通量文库的构建，最终完成上机测序。
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公开(公告)号：CN110656178A
公开(公告)日：2020-01-07
申请号：CN201911029436.2
申请日：2019-10-28
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12Q1/6886 , G01N33/574
Abstract: 本发明公开了一种胃癌预后诊断标志物TREM1在胃癌预后检测及评估中的应用，涉及生物医学领域，所述应用是通过检测所述标志物TREM1的相对表达水平来评估胃癌患者预后情况。本发明还公开了包括所述标志物TREM1的引物与内参的检测试剂盒。本发明提供的胃癌预后诊断标志物TERM1具有高特异性和敏感性，可通过快速、简便的方法检测其相对表达量、进而对胃癌患者的预后进行准确的判断和评估，从分子水平实现对胃癌危险等级的分级分层，迅速、准确地预测胃癌预后，对不同预后程度的患者进行分类治疗，从而指导胃癌病人的个体化精准治疗，节约医疗成本，具有极高的临床应用价值。
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公开(公告)号：CN110144345A
公开(公告)日：2019-08-20
申请号：CN201910390311.6
申请日：2019-05-10
Applicant: 上海交通大学
IPC: C12N15/10
Abstract: 本发明公开了一种从卵泡液中提取cfDNA的方法，通过对卵泡液样本两步离心去除多余细胞碎片；利用裂解液对卵泡液进行裂解，加入的蛋白酶K消化多余的蛋白，同时加入的Carrier RNA使DNA更易析出沉降；利用羧基磁珠对DNA的吸附作用；在高盐低pH的条件下，将卵泡液中的cfDNA吸附到磁珠上，经过盐洗涤和醇洗涤后，去除100bp以下的片段，洗脱后再次加入0.5倍体积的羧基磁珠，吸附并去除大于300bp的长片段，获得合适长度范围的cfDNA。同时对所获的cfDNA进行末端修复，产生平末端连接，并在3’末端添加碱基A，并在cfDNA两端添加接头并扩增纯化等，完成高通量文库的构建，最终完成上机测序。
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公开(公告)号：CN115651973B
公开(公告)日：2023-09-29
申请号：CN202211093343.8
申请日：2022-09-08
Applicant: 苏州京脉生物科技有限公司 , 上海交通大学
IPC: C12Q1/6869 , G16B40/00 , G16B30/00
Abstract: 本申请提供一种可传代细胞的高保真甲基化位点的分离与分析方法，包括步骤：(A)将可传代细胞进行传代培养多代后，取不同代数的细胞进行基因组DNA提取，作为实验样本；(B)将spike‑in加入实验样本中，进行重亚硫酸盐转化，构建简并代表性重亚硫酸盐测序文库，并进行测序；所述spike‑in为甲基化和未甲基化的lambda DNA；(C)对于测序数据，根据spike‑in计算转化效率和错误转化率最终对甲基化水平的评估产生偏差，并且对每个位点的DNA甲基化水平采用二项分布近似贝叶斯模型进行定量检测，通过比较不同代别的甲基化水平得到高保真甲基化位点。
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