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公开(公告)号：CN113205855A
公开(公告)日：2021-08-03
申请号：CN202110636292.8
申请日：2021-06-08
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种基于知识能量函数优化的膜蛋白三维结构预测方法，分别根据输入序列的多序列比对结果结合统计知识得到对残基距离的约束、根据输入序列的二级结构预测结果结合蛋白质结构数据库PDB中的已知结构，构建结构片段查询库、根据输入序列的残基接触预测结果计算知识基础的能量函数；然后在能量函数和残基距离约束的条件下对初始结构迭代地进行片段替换并得到若干候选结构；最后对候选结构进行筛选得到最终预测膜蛋白三维结构。本发明基于从头预测方法，使用多序列比对(MSA)、二级结构预测、残基接触预测等多项技术，具有操作方便，准确度高等优点。
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公开(公告)号：CN114997366A
公开(公告)日：2022-09-02
申请号：CN202210557804.6
申请日：2022-05-19
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种基于图神经网络的蛋白质结构模型质量评估方法，提取待预测类蛋白质诱饵里所有167种重原子在三维空间中的全局坐标作为输入，对其通过Rosetta软件的dual‑space relax预处理后，解析计算得到原始节点特征和边特征并输入基于注意力机制和图池化技术构建的图神经网络模型，使用预训练好的模型网络参数进行计算，分别得到反映该类蛋白质诱饵结构在蛋白质水平和氨基酸残基水平上与真实天然蛋白结构的差距的全局得分和局部得分。本发明能够更有鉴别力地关注那些本身精度已接近天然结构的类蛋白质诱饵结构，从而提升蛋白质结构模型评估在高精度数据集上的准确性。
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公开(公告)号：CN114997366B
公开(公告)日：2024-11-05
申请号：CN202210557804.6
申请日：2022-05-19
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种基于图神经网络的蛋白质结构模型质量评估方法，提取待预测类蛋白质诱饵里所有167种重原子在三维空间中的全局坐标作为输入，对其通过Rosetta软件的dual‑space relax预处理后，解析计算得到原始节点特征和边特征并输入基于注意力机制和图池化技术构建的图神经网络模型，使用预训练好的模型网络参数进行计算，分别得到反映该类蛋白质诱饵结构在蛋白质水平和氨基酸残基水平上与真实天然蛋白结构的差距的全局得分和局部得分。本发明能够更有鉴别力地关注那些本身精度已接近天然结构的类蛋白质诱饵结构，从而提升蛋白质结构模型评估在高精度数据集上的准确性。
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公开(公告)号：CN113205855B
公开(公告)日：2022-08-05
申请号：CN202110636292.8
申请日：2021-06-08
Applicant: 上海交通大学
Abstract: 一种基于知识能量函数优化的膜蛋白三维结构预测方法，分别根据输入序列的多序列比对结果结合统计知识得到对残基距离的约束、根据输入序列的二级结构预测结果结合蛋白质结构数据库PDB中的已知结构，构建结构片段查询库、根据输入序列的残基接触预测结果计算知识基础的能量函数；然后在能量函数和残基距离约束的条件下对初始结构迭代地进行片段替换并得到若干候选结构；最后对候选结构进行筛选得到最终预测膜蛋白三维结构。本发明基于从头预测方法，使用多序列比对(MSA)、二级结构预测、残基接触预测等多项技术，具有操作方便，准确度高等优点。
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