公开(公告)号：CN100428254C

公开(公告)日：2008-10-22

申请号：CN200610029136.0

申请日：2006-07-20

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 陈军 ,  杨杰 ,  刘蕙

IPC: G06F19/00

Abstract: 本发明涉及一种计算机应用技术领域的交叉反应抗原计算机辅助筛选的方法。本发明建立病原微生物和人特异组织细胞的蛋白质数据集，然后通过局部序列比对算法，得到给定长度的相似子序列对；建立B细胞线性表位和非线性表位的数据集，特征提取，用于支持向量机(SVM)的学习训练，将训练好的SVM预测相似子序列的B细胞线性表位的可能性，根据B细胞线性表位的可能性大小筛选出可能性较大的相似子序列。本发明是传统免疫学实验方法筛选交叉抗原的重要补充，通过向实验免疫学家提供候选交叉反应抗原，大大减少了他们的实验工作量，为传统免疫学实验方法失败时提供了又一解决思路。

公开(公告)号：CN1889086A

公开(公告)日：2007-01-03

申请号：CN200610029136.0

申请日：2006-07-20

Applicant: 上海交通大学

Inventor： 陈军 ,  杨杰 ,  刘蕙

IPC: G06F19/00

Abstract: 本发明涉及一种计算机应用技术领域的交叉反应抗原计算机辅助筛选的方法。本发明建立病原微生物和人特异组织细胞的蛋白质数据集，然后通过局部序列比对算法，得到给定长度的相似子序列对；建立B细胞线性表位和非线性表位的数据集，特征提取，用于支持向量机(SVM)的学习训练，将训练好的SVM预测相似子序列的B细胞线性表位的可能性，根据B细胞线性表位的可能性大小筛选出可能性较大的相似子序列。本发明是传统免疫学实验方法筛选交叉抗原的重要补充，通过向实验免疫学家提供候选交叉反应抗原，大大减少了他们的实验工作量，为传统免疫学实验方法失败时提供了又一解决思路。