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公开(公告)号：CN119229982B
公开(公告)日：2025-02-25
申请号：CN202411719296.2
申请日：2024-11-28
Applicant: 三亚中国农业科学院国家南繁研究院 , 中国农业科学院农业信息研究所
IPC: G16B40/20 , G16B30/10 , G06N3/0442 , G06N3/0455 , G06F18/213 , G06F18/241 , G06F18/25
Abstract: 本发明提供了一种基于ESM‑2和双路径神经网络的DNA结合蛋白和RNA结合蛋白分类方法，具体表现为将ESM‑2与双路径神经网络相结合的分阶段分类方法，称为DRBP‑EDP；在第一阶段训练中，将蛋白质序列分类为核酸结合蛋白或非核酸结合蛋白；在第二阶段训练中，进一步将核酸结合蛋白分类为DNA结合蛋白或RNA结合蛋白；同时，本发明还构建了精细的数据集构建方法，从而创建了高质量的蛋白质分类数据集，通过这种方法，DRBP‑EDP模型取得了很好的性能，第一阶段对核酸结合蛋白和非核酸结合蛋白的分类准确率为90.03%，第二阶段对DNA结合蛋白和RNA结合蛋白的分类准确率为89.56%，不仅为蛋白质分类提出了新的见解和方法，还为研究蛋白质功能提供了创新工具，从而为生命科学的发展提供了新的机遇。
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公开(公告)号：CN119229982A
公开(公告)日：2024-12-31
申请号：CN202411719296.2
申请日：2024-11-28
Applicant: 三亚中国农业科学院国家南繁研究院 , 中国农业科学院农业信息研究所
IPC: G16B40/20 , G16B30/10 , G06N3/0442 , G06N3/0455 , G06F18/213 , G06F18/241 , G06F18/25
Abstract: 本发明提供了一种基于ESM‑2和双路径神经网络的DNA结合蛋白和RNA结合蛋白分类方法，具体表现为将ESM‑2与双路径神经网络相结合的分阶段分类方法，称为DRBP‑EDP；在第一阶段训练中，将蛋白质序列分类为核酸结合蛋白或非核酸结合蛋白；在第二阶段训练中，进一步将核酸结合蛋白分类为DNA结合蛋白或RNA结合蛋白；同时，本发明还构建了精细的数据集构建方法，从而创建了高质量的蛋白质分类数据集，通过这种方法，DRBP‑EDP模型取得了很好的性能，第一阶段对核酸结合蛋白和非核酸结合蛋白的分类准确率为90.03%，第二阶段对DNA结合蛋白和RNA结合蛋白的分类准确率为89.56%，不仅为蛋白质分类提出了新的见解和方法，还为研究蛋白质功能提供了创新工具，从而为生命科学的发展提供了新的机遇。
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公开(公告)号：CN117965602A
公开(公告)日：2024-05-03
申请号：CN202311752677.6
申请日：2023-12-19
Applicant: 中国农业科学院作物科学研究所 , 三亚中国农业科学院国家南繁研究院
Abstract: 本发明属于植物基因工程领域。本发明构建了一种利用RUBY辅助CRISPR切除转化事件中自身T‑DNA片段的植物基因编辑载体pTEC，该载体通过时空组织特异性表达的启动子驱动靶向T‑DNA两端边界的sgRNA表达，实现在目的基因编辑发生之后再切除T‑DNA片段的目的，并且pTEC载体有RUBY颜色报告基因辅助筛选，能够更简单有效地获得T‑DNA被切除尤其是Cas9等基因编辑元件被切除的T0代编辑植株。
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公开(公告)号：CN117925686A
公开(公告)日：2024-04-26
申请号：CN202311752696.9
申请日：2023-12-19
Applicant: 中国农业科学院作物科学研究所 , 三亚中国农业科学院国家南繁研究院
Abstract: 本发明属于植物基因工程领域。本发明涉及一种新的植物基因编辑载体的构建、优化与应用。本发明针对转化现有的带有RUBY元件的基因编辑载体后愈伤组织再生出苗时，再生红苗少、长势弱等缺陷，采用优化改造基因编辑载体的策略实现既能高比例获得生长较好且红色明显的再生植株，又能高效编辑靶基因，达到直接快速选择红色植株即可高概率获得靶基因被编辑的植株的目标，节省了对植株进行阳性检测及靶基因突变检测所需的时间和人力投入。
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