公开(公告)号：CN102212614A

公开(公告)日：2011-10-12

申请号：CN201110079989.6

申请日：2004-01-28

申请人： 454生命科学公司

发明人： J·H·利蒙 ,  K·洛曼 ,  J·M·罗思伯格 ,  M·P·维纳

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/686 ,  B01L3/5027 ,  B01L3/502707 ,  B01L3/502715 ,  B01L3/5085 ,  B01L7/52 ,  B01L2300/0636 ,  B01L2300/0819 ,  B01L2300/0877 ,  C07H21/00 ,  C12N15/1075 ,  C12N15/1093 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6834 ,  C12Q1/6844 ,  C12Q1/6865 ,  C12Q1/6867 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6874 ,  G01N21/253 ,  G01N21/6428 ,  G01N21/6452 ,  G01N21/6458 ,  G01N2021/6484 ,  G01R33/1269 ,  Y02P20/582 ,  Y10T436/143333 ,  C12Q2565/119 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2565/537 ,  C12Q2547/107 ,  C12Q2547/101 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2527/125 ,  C12Q2525/186 ,  C12Q2565/301 ,  C12Q2563/149 ,  C12Q2531/125 ,  C12Q2537/149 ,  C12Q2535/119

摘要： 本文提供一种进行诸如基因组测序的快速DNA测序的装置和方法。该方法包括制备基因组测序样品DNA、以代表性方式扩增制备的DNA和仅以一个引物杂交步骤对扩增DNA进行多重测序反应。

公开(公告)号：CN101171345B

公开(公告)日：2013-04-24

申请号：CN200680015255.9

申请日：2006-04-12

申请人： 454生命科学公司

发明人： J·H·利蒙 ,  W·L·李 ,  J·F·西蒙斯 ,  B·德萨尼 ,  M·T·罗南 ,  J·德拉克 ,  K·罗曼 ,  M·埃格霍尔姆 ,  J·罗思伯格

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6827 ,  C12Q1/6834 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q2565/301 ,  C12Q2531/107 ,  C12Q2531/101 ,  C12Q2565/537 ,  C12Q2565/515 ,  C12Q2545/114

摘要： 要求保护的发明提供了新的样品制备方法，使得可以用焦磷酸测序技术直接对PCR产物进行测序。所述PCR产物可以是基因组的特定区域。本发明的公开内容中提供的技术可以用于在一个个体或个体的群体中对个体等位基因多态性进行SNP(单核苷酸多态性)检测、分类和评价。结果可以用于患者的诊断和治疗，以及病毒和细菌群体鉴别的评价。

公开(公告)号：CN101390101B

公开(公告)日：2012-05-23

申请号：CN200780005575.0

申请日：2007-02-15

申请人： 454生命科学公司

发明人： 陈怡儒 ,  K·麦达德 ,  J·辛普森

IPC分类号： G06F19/22

CPC分类号： C12Q1/6848 ,  C12Q1/6869 ,  G16B30/00 ,  G16B40/00 ,  C12Q2537/165

摘要： 描述一种用于校正与从模板分子的基本相同副本种群中产生的相位同步序列数据相关联的误差的方法的实施例，包括：(a)检测响应于测序反应中一个或多个核苷酸并入而产生的信号；(b)生成用于信号的值；以及(c)利用第一参数和第二结转参数校正用于相位同步误差的值。

公开(公告)号：CN101390101A

公开(公告)日：2009-03-18

申请号：CN200780005575.0

申请日：2007-02-15

申请人： 454生命科学公司

发明人： 陈怡儒 ,  K·麦达德 ,  J·辛普森

IPC分类号： G06F19/00

CPC分类号： C12Q1/6848 ,  C12Q1/6869 ,  G16B30/00 ,  G16B40/00 ,  C12Q2537/165

摘要： 描述一种用于校正与从模板分子的基本相同副本种群中产生的相位同步序列数据相关联的误差的方法的实施例，包括：(a)检测响应于测序反应中一个或多个核苷酸并入而产生的信号；(b)生成用于信号的值；以及(c)利用第一参数和第二结转参数校正用于相位同步误差的值。

公开(公告)号：CN102212614B

公开(公告)日：2013-12-25

申请号：CN201110079989.6

申请日：2004-01-28

申请人： 454生命科学公司

发明人： J·H·利蒙 ,  K·洛曼 ,  J·M·罗思伯格 ,  M·P·维纳

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/686 ,  B01L3/5027 ,  B01L3/502707 ,  B01L3/502715 ,  B01L3/5085 ,  B01L7/52 ,  B01L2300/0636 ,  B01L2300/0819 ,  B01L2300/0877 ,  C07H21/00 ,  C12N15/1075 ,  C12N15/1093 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6834 ,  C12Q1/6844 ,  C12Q1/6865 ,  C12Q1/6867 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6874 ,  G01N21/253 ,  G01N21/6428 ,  G01N21/6452 ,  G01N21/6458 ,  G01N2021/6484 ,  G01R33/1269 ,  Y02P20/582 ,  Y10T436/143333 ,  C12Q2565/119 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2565/537 ,  C12Q2547/107 ,  C12Q2547/101 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2527/125 ,  C12Q2525/186 ,  C12Q2565/301 ,  C12Q2563/149 ,  C12Q2531/125 ,  C12Q2537/149 ,  C12Q2535/119

摘要： 本文提供一种进行诸如基因组测序的快速DNA测序的装置和方法。该方法包括制备基因组测序样品DNA、以代表性方式扩增制备的DNA和仅以一个引物杂交步骤对扩增DNA进行多重测序反应。

公开(公告)号：CN101720359A

公开(公告)日：2010-06-02

申请号：CN200880018420.5

申请日：2008-05-29

申请人： 454生命科学公司

发明人： M·S·布拉弗曼 ,  J·F·西蒙斯 ,  M·斯里尼瓦桑 ,  G·S·图伦查尔克

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/68

摘要： 此处描述了用于识别模板核酸分子的来源的识别子元件(identifierelement)的实施方式，该识别子元件包含核酸元件，该核酸元件包含能够检测由该核酸元件生成的序列数据中的引入错误(introduced error)并校正该引入错误的序列组成，其中该核酸元件被构建为与模板核酸分子的末端偶联并识别该模板核酸分子的来源。

公开(公告)号：CN101278295A

公开(公告)日：2008-10-01

申请号：CN200680036591.1

申请日：2006-08-01

申请人： 454生命科学公司

发明人： K·E·麦达德 ,  J·M·费罗 ,  J·R·奈特 ,  J·乍鲁米林 ,  J·H·利蒙 ,  E·W·迈尔斯 ,  J·W·辛普森 ,  G·A·福尔克默

IPC分类号： G06F19/00

CPC分类号： B01L3/502761 ,  B01L3/5027 ,  B01L3/5085 ,  B01L2300/0636 ,  B01L2300/0819 ,  B01L2300/0877 ,  C07H21/00 ,  C12N15/1075 ,  G01N21/253 ,  G01N21/6428 ,  G01N21/6452 ,  G01N21/6458 ,  G06F19/22

摘要： 本文提供了用于进行快速DNA测序，如基因组测序的装置和方法。该方法包括以下步骤：制备用于基因组测序的样品DNA，以代表性的方式扩增制备的DNA，以及在扩增的DNA上用仅仅一个引物杂交步骤进行多个测序反应。

公开(公告)号：CN101128601B

公开(公告)日：2011-06-08

申请号：CN200480008636.5

申请日：2004-01-28

申请人： 454生命科学公司

发明人： J·H·利蒙 ,  K·洛曼 ,  J·M·罗思伯格 ,  M·P·维纳

IPC分类号： C12Q1/68 ,  C12P19/34

CPC分类号： C12Q1/686 ,  B01L3/5027 ,  B01L3/502707 ,  B01L3/502715 ,  B01L3/5085 ,  B01L7/52 ,  B01L2300/0636 ,  B01L2300/0819 ,  B01L2300/0877 ,  C07H21/00 ,  C12N15/1075 ,  C12N15/1093 ,  C12Q1/6806 ,  C12Q1/6834 ,  C12Q1/6844 ,  C12Q1/6865 ,  C12Q1/6867 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q1/6874 ,  G01N21/253 ,  G01N21/6428 ,  G01N21/6452 ,  G01N21/6458 ,  G01N2021/6484 ,  G01R33/1269 ,  Y02P20/582 ,  Y10T436/143333 ,  C12Q2565/119 ,  C12Q2531/113 ,  C12Q2565/537 ,  C12Q2547/107 ,  C12Q2547/101 ,  C12Q2537/143 ,  C12Q2527/125 ,  C12Q2525/186 ,  C12Q2565/301 ,  C12Q2563/149 ,  C12Q2531/125 ,  C12Q2537/149 ,  C12Q2535/119

摘要： 本文提供一种进行诸如基因组测序的快速DNA测序的装置和方法。该方法包括制备基因组测序样品DNA、以代表性方式扩增制备的DNA和仅以一个引物杂交步骤对扩增DNA进行多重测序反应。

公开(公告)号：CN101680027A

公开(公告)日：2010-03-24

申请号：CN200880008644.8

申请日：2008-03-14

申请人： 454生命科学公司

发明人： B·B·西门 ,  C·卢贝斯基 ,  J·F·西蒙斯

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/703 ,  C12Q1/686 ,  C12Q1/6869 ,  C12Q2565/629 ,  C12Q2565/301 ,  C12Q2563/149

摘要： 在本发明的一个实施方案中描述了检测一个或更多个与耐药性相关的HIV序列变异体低频出现的方法，其包括从HIV样品群的RNA分子生成cDNA种类；从cDNA种类扩增第一扩增子，其中各扩增子包括已扩增拷贝并用限定基因座的核酸引物对扩增；克隆扩增第一扩增子的已扩增拷贝生成第二扩增子，其包括来自第一扩增子已扩增拷贝之一的基本相同拷贝的固定化群；在单个仪器上平行测定来自至少100个固定化群的核酸序列组合物；检测在该至少100个固定化群的核酸序列组合物中出现频率为5％或更低的一个或更多个序列变异体；以及将所检测序列变异体与HIV耐药性相关变异相关联。

公开(公告)号：CN101171345A

公开(公告)日：2008-04-30

申请号：CN200680015255.9

申请日：2006-04-12

申请人： 454生命科学公司

发明人： J·H·利蒙 ,  W·L·李 ,  J·F·西蒙斯 ,  B·德萨尼 ,  M·T·罗南 ,  J·德拉克 ,  K·罗曼 ,  M·埃格霍尔姆 ,  J·罗思伯格

IPC分类号： C12Q1/68

CPC分类号： C12Q1/6827 ,  C12Q1/6834 ,  C12Q1/6858 ,  C12Q2565/301 ,  C12Q2531/107 ,  C12Q2531/101 ,  C12Q2565/537 ,  C12Q2565/515 ,  C12Q2545/114

摘要： 要求保护的发明提供了新的样品制备方法，使得可以用焦磷酸测序技术直接对PCR产物进行测序。所述PCR产物可以是基因组的特定区域。本发明的公开内容中提供的技术可以用于在一个个体或个体的群体中对个体等位基因多态性进行SNP(单核苷酸多态性)检测、分类和评价。结果可以用于患者的诊断和治疗，以及病毒和细菌群体鉴别的评价。